| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,578,143 | 0 | A | C | 40.9% | 144.1 / 50.9 | 88 | L79V (TTA→GTA) | maeB | malic enzyme: putative oxidoreductase/phosphotransacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/7); new base C (0/36); total (45/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTTCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCC > NC_000913/2577995‑2578291 | ggttCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑c < 2:233118/150‑1 (MQ=255) gttCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑ccc > 3:348509/1‑151 (MQ=255) ttCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑cccc > 1:1195026/1‑151 (MQ=255) cGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑cccc > 1:709484/1‑149 (MQ=255) gAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGc > 1:1226632/1‑151 (MQ=255) gcgACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCAccgccg < 3:1369879/151‑1 (MQ=255) gcgACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCAccgccg > 3:1277678/1‑151 (MQ=255) aCAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTAc < 3:1069182/151‑1 (MQ=255) aCAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAACCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTAc < 1:724191/151‑1 (MQ=255) aCAACTCCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGACACCTCCAATGTCAAATACATCAACCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCTTT‑CCCTTCCATCACC‑GT‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAT‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCACCACCGCCGt < 1:1165698/149‑1 (MQ=255) aaCTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCg > 2:40331/1‑151 (MQ=255) cTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGtt > 1:1340860/1‑151 (MQ=255) aaaaaTTTGCCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTAAAATACATCACCCCCGGCGAATTTCTAAAAC‑AGAC‑CGCCTTT‑GCCTTCCATCCCC‑GG‑TTTG‑CCGC‑CCAGCGCGCAAA‑TGTT‑GCCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAgaga < 4:539860/149‑1 (MQ=255) tAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTag > 4:462493/1‑147 (MQ=255) aaaTTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTag > 1:229956/1‑146 (MQ=255) aTTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCAc > 2:299154/1‑151 (MQ=255) tttGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCAcc > 1:414355/1‑151 (MQ=255) ttGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCg > 4:934/1‑151 (MQ=255) ttGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCg > 4:406894/1‑151 (MQ=255) gggTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTCGAGATCACCGccacc > 1:1417475/1‑150 (MQ=255) gggTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGccacc > 3:1168154/1‑150 (MQ=255) gtgggtttctacatcTTAAAGGTAAAATACAAAAACCCCGCCAATTTCCAAAAAC‑AGAC‑CGCCC‑T‑GCCCTCCAACCCCTGG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCAAA‑TGTT‑GCCAAC‑CCCCACCTCCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAgg < 3:961865/137‑1 (MQ=255) gTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAgg > 1:759114/1‑151 (MQ=255) 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cTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCgg > 3:552777/1‑150 (MQ=255) ttaaaTGTAAAATACACCAACCCCGGCAATTTTCTAAAAC‑AAAC‑CCCCCTT‑GCCTCCCACCCCG‑GT‑TTTC‑CCTG‑CCGGCGCCCAAA‑TTTT‑CCCAAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCgg < 3:685636/142‑1 (MQ=255) ttCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGt > 1:759798/1‑150 (MQ=255) tCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGtat > 4:206064/1‑151 (MQ=255) cAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGtat > 1:245020/1‑150 (MQ=255) 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ttG‑CCCG‑CCAGCCCGCCAT‑TGTT‑GCCTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAg < 4:468434/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGCCAT‑TTTT‑CCCTAC‑CCCAAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAgcgc < 3:827914/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGcc > 1:1105124/1‑149 (MQ=255) gcgcCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGcc > 1:941099/1‑147 (MQ=255) gctcaagtGTT‑GCCTCC‑CCCCGCAACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGcc < 1:348468/140‑1 (MQ=255) cgcCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGcc > 1:913359/1‑146 (MQ=255) cgcCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGcc > 3:39012/1‑146 (MQ=255) tcata‑TGTT‑CCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGAt < 1:1133707/145‑1 (MQ=255) cAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATcgcg > 4:280231/1‑151 (MQ=255) atttttcccTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATcgc < 3:1226766/142‑1 (MQ=255) tGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCtg > 4:89022/1‑151 (MQ=255) attttcccTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATcgc < 3:777832/142‑1 (MQ=255) gTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCtgt > 3:155485/1‑151 (MQ=255) cTAC‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTgtgt < 1:687887/148‑1 (MQ=255) tAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGCGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGcc > 3:762956/1‑151 (MQ=255) a‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGcc > 3:683834/1‑149 (MQ=255) | GGTTCGAGCGCGGCGACAACTTCAATAAATTTGTCCGGGTCGAGTTCGTCAACTTCAATGTCAAATACATCAATCCCGGCGAATTTCTTAAAC‑AGAA‑CGCCCTT‑GCCTTCCATCACC‑GG‑TTTG‑CCTG‑CCAGCGCGCCAA‑TGTT‑GCCTAA‑CCCCAGCACCGCCGTACCGTTAGAGATCACCGCCACCAGGTTACCTCGGGCGGTATATTTGTAGGCTTTTAACGGGTCTTTTTCGATTTCAAGACAAGGTGCGGCAACGCCTGGTGAGTAGGCCAGCGCCAGATCGCGCTGTGTTGCC > NC_000913/2577995‑2578291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |