| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,911 | 0 | G | A | 51.7% | 33.4 / 82.2 | 58 | intergenic (‑122/+199) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/3); new base A (0/30); total (25/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.90e-09 | |||||||||||
AGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGC > NC_000913/2001769‑2002059 | aGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑c > 2:672424/1‑151 (MQ=255) gCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑cc > 2:321112/1‑151 (MQ=255) agagTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCgg > 1:525372/1‑151 (MQ=255) gagTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGt > 1:134204/1‑151 (MQ=255) atttCACGAAAAACAGCCCTGCGTTATATGATTTATGGGAATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAAGGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGTTAAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCg < 1:378043/148‑1 (MQ=255) aCGAAAACCACCCCTGCTTTATAGGATTTCTGGGCTTGATTTCCCGTTTCTGCAGGGTTTTAAATCGGACGATTGGTGGGAGAAATGAGGGTTTTTTTGGGGGTAACGGGAAAATCCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAg < 1:447076/151‑1 (MQ=255) aaaCAGCCCTGTGTTTTATGATTTATCGGCTTGATTTCCGGTTTCTGCGGTTTTTTTAATCGGACATTTGGTGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTTGGGGTTAACAGGAAAATTCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGt < 1:201036/151‑1 (MQ=255) aCAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGtt > 1:196649/1‑150 (MQ=255) ccccTGCTTTATATAGTTTATCGGCATTTTTATCCTTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGAACAATTAGTGGTTAAAAGGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGTTAAATCCCAGCAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTg < 1:17102/150‑1 (MQ=255) tGCTTTATAGGAGTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGGAAAATTCCAGGCAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACa < 1:521701/150‑1 (MQ=255) gCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCAGGTTTTTAAATCGGACGATTAGGGGGTAAAATGGGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACa < 2:698012/149‑1 (MQ=255) gTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 1:86629/1‑151 (MQ=255) ttATATGAGTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTGGTGGGTAAAAGGGGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGGTAATTCCAAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt < 1:899282/150‑1 (MQ=255) 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AGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGC > NC_000913/2001769‑2002059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |