| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,813,272 | 0 | C | T | 45.5% | 41.0 / 25.6 | 55 | S181L (TCG→TTG) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenoylcysteine synthetase, FMN‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/23); new base T (25/0); total (32/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGT > NC_000913/3813122‑3813422 | ccGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTc < 2:686664/151‑1 (MQ=255) ccACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTGTTCGccc < 1:855312/149‑1 (MQ=255) aCGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCCT‑c > 2:783527/1‑150 (MQ=255) cagcaTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTGCCCCT‑CCAc > 1:381681/1‑150 (MQ=255) cagcaTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACg < 2:686142/151‑1 (MQ=255) cagcaTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGCGCATTTTTCGCCCCT‑Caa > 1:1154061/1‑149 (MQ=255) agcaTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGT‑c > 2:89398/1‑146 (MQ=255) aaTTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTg < 1:222938/150‑1 (MQ=255) agagGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGTTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTTCCCGT‑CAACGACCTGAAACa > 1:222118/1‑150 (MQ=255) agagGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACa < 2:507283/150‑1 (MQ=255) gTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTTCCCGC‑CAACGACCTGAAACAtat > 1:558425/1‑147 (MQ=255) gcttgcttCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAAc < 1:847312/151‑1 (MQ=255) ttgcttCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTGCCCCT‑CAACCACCCGAAACATCTGaa > 2:894183/1‑148 (MQ=255) cttCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGGGCATTTTTTGCCCCG‑CAAAGACCTGGAAAAACTGAACAatat > 1:771461/1‑151 (MQ=255) cccGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCCGAAACATCTGaa > 2:783015/1‑142 (MQ=255) ccGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTTCCCGT‑CAACGACCCGAAACATCTGAACAATATGAtt > 2:613491/1‑151 (MQ=255) ccGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTGCCCGT‑CCACCACCCTAAAAATCTGAACact > 1:527750/1‑143 (MQ=255) ccGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTCCCCGT‑CAACCACCTGGAACATCTGAACattattatt > 2:858003/1‑151 (MQ=255) gTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGGCCGT‑CAACGACCTGAAAAATCTGAACaattttat > 1:449928/1‑141 (MQ=255) gCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTTCCCGT‑CAACGACCTGAAAAATCTGAACATTATGATTAccgcccg > 1:494854/1‑148 (MQ=255) cTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCCCCCGT‑CAACCACCTGTAAAATCTTGAAATTATGATTACCCCCCGc > 2:40772/1‑150 (MQ=255) gggggCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTGCCCCC‑CAACTCCCCGAAAAAACTTAAAATTTTGATTTACGCCGGCCCGAccc > 1:451456/1‑148 (MQ=255) gggggCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGAc < 2:942669/148‑1 (MQ=255) gggggCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGAGGAGTTTTTGCCCGC‑CCACGACCACAAAAATCTGTACACTTTTGTTACCCCCGGCCCGaacc > 1:717213/1‑147 (MQ=255) gggcgCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGAc < 2:357424/148‑1 (MQ=255) ggCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTTCCCCC‑CAACCACCCGAAAAATCTGAACATTATTATTAACCCCGGCCCCAc > 1:962104/1‑145 (MQ=255) gCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CCAAGACCTGAAAAATCTGGAAATTATGATTAACCCCGGccc > 2:266137/1‑141 (MQ=255) ccAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGCAGCGCATTTTCCCCCCG‑‑CAACGACCTGAAACAACTTGAAAATATTATTACCGCCCGCCCGACCCGTGaaac > 2:895343/1‑149 (MQ=255) aGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTc < 2:640751/150‑1 (MQ=255) cAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGT‑CAACGACCTGAAAAATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCCACGCGTGAAACGCCCGAAcc > 2:1112310/1‑150 (MQ=255) aGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGT‑CAACGACCCGAAAAATCTGAACATTTTGATTATCGCCGGCCCCACGCGGGAACCGCTCgcaccg > 2:274811/1‑145 (MQ=255) aGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCg < 2:286460/150‑1 (MQ=255) cAGGCTTGTGGTGATACATGTCCTGGGCGATTGCTCGATCCGTTACCCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATcc < 2:490865/146‑1 (MQ=255) ttGTGGTGATATCGGTCCGGGCCGAATGCCCGATCCGTTACCCGTTGTGGATATGGCGGTAGCGCGTTTTTCCCCCTT‑CAACGGCCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGt < 2:45940/148‑1 (MQ=255) gtggtgATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTatat < 2:809321/151‑1 (MQ=255) ggtgATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTatat < 2:888294/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTTCCCGT‑CAACGACCTGAAAAATCTTAACATTATGATTACCGCCGGCCCCACGCGTGGACCGCCCCATCCCGTGCGGTTTATCTCTaa > 1:455312/1‑143 (MQ=255) ccTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCt < 2:176056/151‑1 (MQ=255) cTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCCGCCCCACCCGGGAACCGCTCGATCCGGGGCGTTATATCTCTAATCACAGCTc > 2:747378/1‑151 (MQ=255) gggCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTcc < 2:610131/150‑1 (MQ=255) cGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCCT‑CAACAACCCGAAAAATCTTAAAATTATGATTAACGCCCGCCCCACGCGGGGACCCCCCGCTCCCGGGCGGTTTATTTCTAATcacaacccc > 1:625727/1‑142 (MQ=255) aaTGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTGCCCCT‑CAACCACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCCGCGCGTGAACCGCCCGATCCGGTGCGGTATATCTCCAATCACAACCCCgg > 2:1169407/1‑147 (MQ=255) aaTGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAg < 2:859008/151‑1 (MQ=255) gCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGAt < 2:599902/150‑1 (MQ=255) gATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCCTTTTTTGCCCGT‑CAACGACCTGGAAAATTTTAAAAATATTATTACCGCCCGCCCCCCGCGCGGACCGCCCGAACCGGTGCGGTATATCCCTAATCACAGCCCCCGCCAGATggg > 1:71703/1‑149 (MQ=255) ccGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGtttt < 1:782990/150‑1 (MQ=255) cGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGGGAAACGCTCGAACCGGGGCGTTATATCTCTAAACACAGCTCCGGCAAGATGGGgttt > 2:335753/1‑149 (MQ=255) gTTAACCATTGTGGATATGGCGGTTGCGCATTTTTTCCCCGTGCGCCAACCCGAAA‑AACTTAACAAAATTATTACCGCCCGCCCCACACGTTAACCGCGCAGTCCGGGGTCTTATCTTTCTTATTATAACCTCCGCAAGATGGGTTTTggt > 2:728271/1‑149 (MQ=255) 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ggCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑AAACGCCCTGAAACATCTGAACATTATGATTCCCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCt < 1:579203/148‑1 (MQ=255) cATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGgc < 2:527769/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAAc > 2:241343/1‑151 (MQ=255) cGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGCTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGt > 2:1122283/1‑151 (MQ=255) | CCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGT‑CAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGT > NC_000913/3813122‑3813422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |