| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 46.0% | 112.1 / 20.7 | 74 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/9); new base C (0/34); total (31/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGG > NC_000913/801970‑802268 | aaGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑cc < 1:1240964/151‑1 (MQ=255) cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAAAC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGCCGGTGCGTTTAAAt‑ccacc < 2:1265980/151‑1 (MQ=255) aaCTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccgc < 2:985393/151‑1 (MQ=255) gCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAt < 2:984004/151‑1 (MQ=255) cGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAtt > 1:1241601/1‑151 (MQ=255) cGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTAtt > 1:1429644/1‑151 (MQ=255) gTGGGTGTTTTTTGGTATTTCCCTGGCGGCCATGGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTCCCTCAAGGGTGGTGGTCGGT‑AACTTACCCGACGGTGCGTTAAAAA‑CCACCGCCGTAtt < 2:1293515/150‑1 (MQ=255) gggTGTTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTCCCCGGAACC‑TGTCTTACTGTTAATTGCCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTACCCGCCGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTa < 2:832444/149‑1 (MQ=255) gggTGTTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTCCCCGGACCC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTGGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTACCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTAtt < 1:1320135/148‑1 (MQ=255) gCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGt > 1:563129/1‑151 (MQ=255) tttGTTTTTTCCCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCTTTCCCGGGACCC‑TGTCGTACTGTTAATTCCCGTTGCTCCCACAATGGTGGTGTTGGGT‑AATTTATCCGAGGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc < 2:129249/150‑1 (MQ=255) tgttttttCCCTGGGGGCTTTTGTGGGGCTGGTTATCAAG‑CTTTCCCCGAACCTTTTCGTACTTTTATTTGCTTTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AATTTATCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActc < 2:1317118/145‑1 (MQ=255) tGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct > 1:1416271/1‑151 (MQ=255) tGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct > 1:327782/1‑151 (MQ=255) tGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct > 1:228012/1‑151 (MQ=255) gTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc > 1:774379/1‑151 (MQ=255) tttCCCGGGCGCCCTTTGTGGGGTTGTTTACCAAGCTTTCCCCGGACCC‑GGTCTTACTGTAATTTGCCGTTGCTGCCCCAATGGGGGTGGTCGGT‑AATTTACCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCa < 2:813497/149‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt > 2:778106/1‑151 (MQ=255) 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a‑ccaccGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGctgggtctgg > 2:1315503/1‑151 (MQ=255) | AAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGT‑AACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGG > NC_000913/801970‑802268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |