| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,749 | 0 | A | C | 43.3% | 157.4 / 19.1 | 98 | D164A (GAC→GCC) | tus | inhibitor of replication at Ter, DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/11); new base C (0/42); total (44/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGAAAACTGGAGCG > NC_000913/1684605‑1684899 | acaTCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc < 4:1335202/151‑1 (MQ=255) cAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACt > 1:1077677/1‑151 (MQ=255) acccaaaGCCCACGTTCGAGCTTATCGTCACGGTTGAACCAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGACCCCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACg < 1:495574/146‑1 (MQ=255) aCTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGc > 4:9076/1‑151 (MQ=255) cTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCt > 1:416442/1‑151 (MQ=255) cTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCt > 1:213146/1‑151 (MQ=255) aaGACCACGTTCGACCATATCGTCACGGTTGAATCAAACCCCCCCCCCGCGGCACTTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGC‑TGACCCCCTTTAGTGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCt < 4:544092/148‑1 (MQ=255) cccctttggAGCTTATCGTCACGTTTGAATCAGACCCCCCCCCCGCGCCGCTTTTTGAAGGGGTGCATCGTCTTTTGCGGGGGC‑TAACCCCCTTTATTGCTTCCGGCCCGCTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttggttg < 4:1425901/143‑1 (MQ=255) ccccGTTCGATCATATCTTCAGGGTTGAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCACTTTTTGATTGGGTGCTTCTTCTTTTGCGGGGGC‑TCATCCCCCTTAATGCTTTCCGCACGCTCCCATTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttggttg < 4:594937/148‑1 (MQ=255) ccACTTTCGAGCATATCGTCCCGGTTAAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCACTTTTTAAATGGGTGCATCGTCATTTGCGGGGCC‑TGACCCCCTTTAATGCTTCCCGCCCGCCCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttggt < 1:1140240/149‑1 (MQ=255) cACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTttggttgg > 3:7077/1‑151 (MQ=255) cGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc > 1:422163/1‑151 (MQ=255) gTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCt > 1:237221/1‑151 (MQ=255) ttCGAGCATATCGTCAGGGTTGAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCACCGTCTTTTGCGGGGGC‑TGATCCCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCt < 1:543138/150‑1 (MQ=255) cGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat > 1:1200502/1‑151 (MQ=255) aGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaata > 4:1379507/1‑150 (MQ=255) gCATATCGTCACGGTTGAATCATAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTACTGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCAGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaata > 3:174697/1‑149 (MQ=255) cATATCGTCGCGGTTAAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCATTTTTGAAAGGGGTTCTTCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCCCCCTTAATGCTCCCCGCGCGCTCCCCGTTCGGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaa < 1:443198/146‑1 (MQ=255) cATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAAc > 4:319896/1‑151 (MQ=255) atatCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAAc > 4:531370/1‑150 (MQ=255) cgtcctggTTGAAGCAGAACCCCCCCCCGCGGCTCTTTTTGAAGGGGGGCTTCTTCTTTTGCCGGGTC‑TGATCCCCCTTATTGCTTACCGCCCGCCCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat < 4:654092/144‑1 (MQ=255) gTCACGGTTAAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAGTGGGTGCATCTTTTTTTGCCGGGGC‑TCATCCCCTTTATTGCTTCCCGCACGCTCACTTTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATc < 4:985626/150‑1 (MQ=255) cgcGGTTGAACCAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTAAAGGGGTGCACGGTCTTTGGCGGGGGC‑TGACCCCCTTTAATGTTTCCCGCACGCTCCCCGTTCCGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCa < 1:1042171/147‑1 (MQ=255) cACGGTTGAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCACTTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCGGGGGC‑TGACCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat < 1:1125483/147‑1 (MQ=255) cACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAtt > 4:203030/1‑151 (MQ=255) cACGGTTAAATCAAACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCTTCTTTTGCCGGGGC‑TGACCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCGCTCACCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAtt < 1:364925/151‑1 (MQ=255) cGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTa > 4:689952/1‑150 (MQ=255) tttaaaTAAGACCCCCCCCCCGCGGCTCTTTTTGAATGGTTTCGTCTTAATTTGCCGGTTA‑TTCTCACTTTTATTCATGCCCGCGGGCTAACTGTTCCGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAg < 4:944065/146‑1 (MQ=255) aaTCAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCTTCTTTTGCCGGGGC‑TGATCCCCTTTAATGCTTCCCGCACGCTCACCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAttt < 4:162980/151‑1 (MQ=255) accAGACCCCCCCCCCGCGGCCCTTTTTGAAGGGGTGCCTCGTCTTTGCCCGGGGC‑TGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCACCCTCCCCTTCCTCCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAt < 1:277067/146‑1 (MQ=255) tCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTAc > 4:977017/1‑151 (MQ=255) cAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTAc > 4:1460122/1‑150 (MQ=255) agacccccccccCGCGGCCTTTTTTGAAGGGGTGCTTCGTCTTTTGCGGGGGC‑TGATCCCCTTTATTGCTTACCGCCCGCTCACCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACAt < 4:926051/145‑1 (MQ=255) aaacccccccccCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCTTCTTCTTTTGCGGGGGC‑TGACCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCGCCCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTAc < 1:363725/143‑1 (MQ=255) aGAACCCCCCCCCGCGGCACTTTTTGAATGGGTGCTTCGTCATTTGCCGGGGC‑TGACCCCCTTTAATGCTTCCCGCACGCTCACCTTTCTGCACGACACCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTa < 4:149404/148‑1 (MQ=255) acccccccccCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCGGGGGC‑TGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCACGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCg < 1:1058096/147‑1 (MQ=255) ccccccccccCGGCACTTTTTAAATGGGTGCTTC‑TCCTTTTCCGGGGCGTATTCCCCCTAAGTGCTTCCCGCCCCCCCCCCGTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGtg < 1:269895/149‑1 (MQ=255) ccccccccCGCGGCCCTTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGC‑TAACCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGt < 1:1136427/148‑1 (MQ=255) 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ccGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGt > 1:278502/1‑151 (MQ=255) gccatgTTTTGAATGGGTGCATCGTAATTTGCCGGGGC‑TGACCCCCTTTATTGCTTCCCGCCCGCTCCCCGTTCTCCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTg < 4:1452412/146‑1 (MQ=255) ctttttttGATGGGGTGCCTCGTCTTTTGCGGGGTC‑TGTCCCCCTTTAATGCTTCCCGCCCGCCCACCTTTCTTCGCACCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCt < 3:107416/144‑1 (MQ=255) cACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGc > 4:1429389/1‑151 (MQ=255) aCGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGc > 4:299423/1‑150 (MQ=255) 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aaTGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTgg > 4:419287/1‑150 (MQ=255) aaTGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTgg > 4:796560/1‑150 (MQ=255) gggTGCTTCTTCTTTTGCGGGGGC‑TGACCCCCTTTATTCCTTCCCGCCCGCCCCCCTTTCGGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGaaaa < 4:1276270/151‑1 (MQ=255) ggTGCATCGTCATTTGCGGGGGC‑TGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGaaaaa < 1:619991/151‑1 (MQ=255) aTCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCt > 1:979997/1‑151 (MQ=255) 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aCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGAAAACTGGAGCg > 4:498382/1‑151 (MQ=255) | ACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGC‑TGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGAAAACTGGAGCG > NC_000913/1684605‑1684899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |