| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,573,528 | A→G | pseudogene (1115/1503 nt) | yjiT → | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,573,528 | 0 | A | G | 98.8% | 295.1 / NA | 84 | pseudogene (1115/1503 nt) | yjiT | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (31/52); minor base C (1/0); total (32/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGCCTATGCTTCTCTGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GACAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGATAATAGCAATGTTGCTGGTT > NC_000913/4573385‑4573671 | aGCCTATGCTTCTCTGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGGGCTGGGGGGGTGGTTTTTTGGGG‑GA‑TTAAAATTTAT‑GGCAgggga > 1:668439/1‑147 (MQ=255) ccTATGCTTCTCTGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑aaa < 2:39458/150‑1 (MQ=255) tGCTTCTCTGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGcc < 2:212268/151‑1 (MQ=255) tGCTTCTCTGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGcc < 1:1104194/151‑1 (MQ=255) tGCTTCTCTGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGcc < 2:1034457/151‑1 (MQ=255) tGCTTCTCTGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGcc < 1:883856/151‑1 (MQ=255) tGCTTCTCTGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATATCGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGcc < 2:658747/151‑1 (MQ=255) ctGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTg < 1:606932/151‑1 (MQ=255) ctGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCCGGGTGGGGGGGTGGTTTTTTGGGG‑GA‑TTTAAATTTTT‑GGGAGGG‑GAATTGTCATTgggg > 1:690228/1‑149 (MQ=255) ggAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGTAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGGTGGGGGGAAGATTGTTGGGAG‑CA‑TTTAAATTTGT‑GGGAGGG‑GAATTTCCATTtgtggg > 2:1018662/1‑149 (MQ=255) ggAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGATTGTCGTTAGTGGCTCGGGGCGGGGGGGGGGATGTTTGGGG‑GT‑TTTAACTTGAT‑GGGAGGG‑GAAATGCCAATgggtgg > 1:70426/1‑147 (MQ=255) gAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCCGGGTGGAGGGGGGGTTGTTTGGGG‑GA‑TTAAAATTTGT‑GGGAGGG‑GAATTGCCAtttgggggg > 2:741470/1‑144 (MQ=255) aaaaCAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑gg < 2:197720/150‑1 (MQ=255) ggCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCCGGTTTGTCGTTAGTGGCTCTGGCTGGAGGGGGGATTTTTTGGAG‑CATTTAAACTTGTG‑GCCGGGG‑AAATTTCCTTGGGGGG‑GGGGCCGTGaa > 1:928450/1‑150 (MQ=255) ggCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGGGGGGTGATTGTTGGGGG‑GA‑TTAAACTTTGT‑GGCGGGG‑GAAATGCCATTggggggggggcctttaa > 1:320975/1‑135 (MQ=255) gCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTa < 1:960618/147‑1 (MQ=255) cAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑aaa < 2:621814/120‑1 (MQ=255) ttCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCg < 2:323621/150‑1 (MQ=255) 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cGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATgg < 1:165938/151‑1 (MQ=255) cGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATgg < 1:1154840/151‑1 (MQ=255) aggTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGc < 1:1060569/148‑1 (MQ=255) aaGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCGGGTTTGTCGGTAGTGGCTCAGGCTTGGGGGGTGGTTGTTGGGAGCCA‑TTAAA‑ATGAT‑GGCTTTG‑AAAATTCCATTGGGGA‑GGGGGCGGTCAACTTTATCCTTGGTGTAGAACaaaatc > 1:479290/1‑146 (MQ=255) aaGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGc < 1:19920/150‑1 (MQ=255) aaGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCt < 2:207135/151‑1 (MQ=255) gTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGGTGGGGGGGTGGTTGTTTGGGG‑CA‑TTTAACTTGGTGGGCGGGG‑AATTTTCCTTTGG‑GG‑GGGGGCGTTTACCTTCTTCTTTGTTGTAGATCAAAGGgtgt > 1:1044874/1‑151 (MQ=255) agaTTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGGGCTGGGGGGGGGGTTGTTTGGGG‑GA‑TTTAAATTTTT‑GGCGGGGAAAATTTCCTTTGG‑GG‑GGGGCCGTTAAACTTCATCCTTTGTGGAGATCAATGGGTGTTat > 1:881990/1‑150 (MQ=255) tttGGCAGGCAAAATCCAGCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAgg < 2:275713/151‑1 (MQ=255) ttGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAggg < 1:754586/151‑1 (MQ=255) 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tCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGc < 2:1002600/151‑1 (MQ=255) tCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGc < 1:1204339/151‑1 (MQ=255) tCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGc < 1:774703/151‑1 (MQ=255) cATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAg < 2:982478/151‑1 (MQ=255) cATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAg < 2:321567/151‑1 (MQ=255) tCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAgtg < 1:741786/151‑1 (MQ=255) tttGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAagc < 2:910932/151‑1 (MQ=255) tttGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAagc < 2:881655/151‑1 (MQ=255) tttGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAagc < 2:838463/151‑1 (MQ=255) tttGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAag < 1:525414/150‑1 (MQ=255) gTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGGGGGGTGATTGTTTGGGG‑CA‑TTTAACTTGAT‑GGCCGTG‑AAATTGTCATTGGTGA‑GGGGGCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGTGcagcag > 2:1009314/1‑150 (MQ=255) cGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGGTGATTGTTGGGAG‑GA‑TTAAAATTGAT‑GGCAGTG‑AAAATGCCATTGGTGG‑GGGGCCGTTAAACTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTTAAGGGACAGGGTTCTTTCAGTGGGCGAAGCAGCGa > 2:987278/1‑151 (MQ=255) tAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGt < 2:378278/151‑1 (MQ=255) tGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTc < 1:285044/150‑1 (MQ=255) tGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTc < 1:642762/150‑1 (MQ=255) 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tgatTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGa > 1:421410/1‑151 (MQ=255) tgatTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGa < 2:114531/151‑1 (MQ=255) atTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGata > 2:303743/1‑151 (MQ=255) gttgGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑ACATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGataata > 2:998207/1‑151 (MQ=255) gttgGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGataata > 2:617228/1‑151 (MQ=255) 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tgGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGATAATAg > 2:648939/1‑150 (MQ=255) tgGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGATAATAGc < 1:893758/151‑1 (MQ=255) gAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGATAATAGCaa < 1:649817/150‑1 (MQ=255) g‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGATAATAGCAATGt > 2:289549/1‑151 (MQ=255) g‑CA‑TTAAACTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGATAATAGCAATGt > 2:1240915/1‑151 (MQ=255) 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cTTGAT‑GGCAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGATAATAGCAATGTTGCTGGtt > 1:1205177/1‑151 (MQ=255) | AGCCTATGCTTCTCTGGAAAACAGACAGGCAACAGTTCGATTACGTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAG‑CA‑TTAAACTTGAT‑GACAGTG‑AAATTGCCATTGGTGA‑GGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCAGCGATGTTCTGATTGTGCTCCCTCGGGATAATAGCAATGTTGCTGGTT > NC_000913/4573385‑4573671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |