| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,665,698 | 0 | T | C | 57.3% | 33.9 / 178.8 | 144 | D38G (GAT→GGT) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/19); new base C (0/82); total (42/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-21 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.02e-16 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
ACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTT‑CAACACACTTATCTACTCGAATTT‑GG‑C‑TT‑GCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGT > NC_000913/3665550‑3665843 | acAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTT‑CAACACACTTATCTACTCGAATTT‑GG‑C‑TT‑GCATc > 2:259851/1‑150 (MQ=255) gTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTT‑CAACACACTTATCTACTCGAATTT‑GG‑C‑TT‑GCATCCGCa > 1:433220/1‑151 (MQ=255) gTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAA‑GCGTGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTT‑CAACACACTTATCTACTCGAATTT‑GG‑C‑TT‑GCATCCGCa > 1:997753/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |