| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 529,055 | (T)8→7 | pseudogene (416/491 nt) | ybbD → | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 529,048 | 0 | T | . | 100.0% | 217.4 / NA | 53 | pseudogene (409/491 nt) | ybbD | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (24/29); total (24/29) | |||||||||||
ATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGT > NC_000913/528910‑529176 | atgGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCt > 1:665605/1‑139 (MQ=255) ggTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCtttttt > 2:864038/1‑139 (MQ=255) aGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCtttttttgt < 1:131859/139‑3 (MQ=255) tttAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAGGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTgg < 2:247834/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCat < 2:265415/139‑1 (MQ=255) aGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACg < 2:78523/134‑1 (MQ=255) aGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACg > 1:78523/1‑134 (MQ=255) ggCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTCTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCattatt > 1:705645/1‑139 (MQ=255) gggAACAAGTGGAGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTtata < 2:874726/139‑1 (MQ=255) ggAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATaa > 2:853815/1‑139 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |