| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 404,123 | (C)5→4 | coding (421/1116 nt) | yaiC → | diguanylate cyclase, cellulose regualtor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 404,119 | 0 | C | . | 97.8% | 193.9 / ‑1.8 | 46 | coding (417/1116 nt) | yaiC | diguanylate cyclase, cellulose regualtor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (27/18); total (27/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
GCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCAT > NC_000913/403984‑404250 | gCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGcccc > 2:661298/1‑139 (MQ=255) aCAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGt < 1:447161/139‑1 (MQ=255) aCAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTACTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGt < 1:46221/139‑1 (MQ=255) aCTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTg < 2:366261/139‑1 (MQ=255) tATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGttt < 2:212610/137‑1 (MQ=255) tATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGttt > 1:212610/1‑137 (MQ=255) gggAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTg < 2:88569/139‑1 (MQ=255) gCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTg > 2:334691/1‑139 (MQ=255) tAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGAc < 1:8437/139‑1 (MQ=255) tAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTcgc < 1:510974/90‑1 (MQ=255) tAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTcgc > 2:510974/1‑90 (MQ=255) aTGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACggg > 1:152471/1‑139 (MQ=255) tGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATCGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGc > 2:506894/1‑139 (MQ=255) cGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTa > 1:198101/1‑139 (MQ=255) cGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTa > 2:724440/1‑139 (MQ=255) cGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTa > 1:747325/1‑139 (MQ=255) ctgcCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGtt < 1:724440/139‑1 (MQ=255) cgATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGt > 2:789516/1‑64 (MQ=255) cgATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGt < 1:789516/64‑1 (MQ=255) cgATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGcgccg > 2:350107/1‑139 (MQ=255) cgATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGcgccg > 1:598270/1‑139 (MQ=255) aTGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCt > 1:620723/1‑139 (MQ=255) atTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAAtggtg < 2:231925/139‑1 (MQ=255) tATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGc < 2:598270/139‑1 (MQ=255) tgtgTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGctc > 2:356458/1‑139 (MQ=255) tgtgTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGctc > 2:115192/1‑139 (MQ=255) tgtgTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGctc > 1:402216/1‑139 (MQ=255) tgtgTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGctc > 2:308335/1‑139 (MQ=255) tgtgTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGccc > 1:200198/1‑137 (MQ=255) gtgtCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGctct < 1:115192/139‑1 (MQ=255) tgtCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGAc > 2:139652/1‑91 (MQ=255) tgtCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGAc < 1:139652/91‑1 (MQ=255) gtCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGATTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTcc > 1:518035/1‑139 (MQ=255) tCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCgtg > 1:54136/1‑102 (MQ=255) tCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCgtg < 2:54136/102‑1 (MQ=255) tCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTccc > 1:484632/1‑139 (MQ=255) tGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGa < 2:104272/86‑1 (MQ=255) tGAATTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGa > 1:104272/1‑86 (MQ=255) aaTTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTcg < 1:627317/36‑1 (MQ=255) aaTTTGATGGGGGCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTcg > 2:627317/1‑36 (MQ=255) gggCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGttt < 2:290338/50‑1 (MQ=255) gggCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGttt > 1:290338/1‑50 (MQ=255) gggCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGGTGa < 1:517149/74‑1 (MQ=255) gggCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGa > 2:517149/1‑74 (MQ=255) gggCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTc > 2:287877/1‑139 (MQ=255) ggCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCa > 2:178406/1‑139 (MQ=255) gCAGGCGG‑CCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCAt < 1:350107/139‑1 (MQ=255) | GCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCAT > NC_000913/403984‑404250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |