| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,481,904 | (A)8→9 | coding (273/1539 nt) | emrY ← | putative multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,481,896 | 1 | . | A | 97.3% | 124.4 / ‑3.2 | 37 | coding (281/1539 nt) | emrY | putative multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base A (22/14); total (22/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
CTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATG > NC_000913/2481765‑2482028 | cTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑‑aaaaaaa < 2:290652/139‑1 (MQ=255)cTGGCGGATAATCCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGCCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑‑aaaaaaa < 1:55184/139‑1 (MQ=255) aTTCCTTAATAATCAACCCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGa < 2:380688/139‑1 (MQ=255) taataataaACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTaa > 1:268279/1‑139 (MQ=255) aataataaACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTaaa > 1:172052/1‑139 (MQ=255) ataaACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaata > 1:332379/1‑139 (MQ=255) tgtgACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTaa > 2:527391/1‑138 (MQ=255) tgtgACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTaa < 1:527391/138‑1 (MQ=255) tgtgACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAAt > 2:304664/1‑139 (MQ=255) gtgACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAAtt > 2:430283/1‑139 (MQ=255) tGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTAt > 1:209445/1‑139 (MQ=255) tGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTAt > 1:3287/1‑139 (MQ=255) cccGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAAGTCGCCTATTCTTTGTGCCAAc > 2:359417/1‑139 (MQ=255) tAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGt < 2:575856/139‑1 (MQ=255) tGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAggg > 1:114684/1‑139 (MQ=255) aCTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCa < 2:332379/139‑1 (MQ=255) aCTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCa < 2:209445/139‑1 (MQ=255) ctctAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCa > 2:592706/1‑139 (MQ=255) ctctAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAAcc > 1:3955/1‑118 (MQ=255) ctctAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAAcc < 2:3955/118‑1 (MQ=255) aaaaaTATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCa < 1:323251/139‑1 (MQ=255) aaaaTATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCAtt < 2:104695/139‑1 (MQ=255) cAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACg < 2:268279/139‑1 (MQ=255) cAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACg > 2:106161/1‑139 (MQ=255) tGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGa < 2:114684/139‑1 (MQ=255) ggTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTaaaaa > 2:288340/1‑58 (MQ=255) ggTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTaaaaa < 1:288340/58‑1 (MQ=255) ggTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTAAACCAAACGAGGTGAt > 2:220464/1‑139 (MQ=255) agaatACACATTAAAGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCATCCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCATACGAGGTGATAACCCAg < 1:220464/135‑1 (MQ=255) cTACACATTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTg > 2:255501/1‑139 (MQ=255) tACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTg < 1:592706/139‑1 (MQ=255) cacaTTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCt > 1:177547/1‑139 (MQ=255) aTTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGc < 1:460314/105‑1 (MQ=255) aTTAATGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGc > 2:460314/1‑105 (MQ=255) aTGAAGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTg > 1:562080/1‑139 (MQ=255) aaGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGAt > 2:120811/1‑116 (MQ=255) aaGACAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGAt < 1:120811/116‑1 (MQ=255) aCAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATg > 1:295650/1‑139 (MQ=255) aCAGCGA‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATg > 1:549765/1‑139 (MQ=255) | CTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑‑AAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATG > NC_000913/2481765‑2482028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |