| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,132 | (C)8→9 | pseudogene (3856/3861 nt) | yneO ← | pseudogene, AidA homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,124 | 1 | . | C | 88.9% | 145.0 / 10.7 | 45 | pseudogene (2/1461 nt) | yneO | pseudogene, AidA homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base C (16/24); total (18/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC > NC_000913/1593991‑1594256 | catcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑ccccc > 1:92050/1‑139 (MQ=255) atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑cccccc > 2:700158/1‑139 (MQ=255) agcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGACGTTAACGGTCAGGACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGCCACGCAGT‑G‑‑cccccc < 2:1215853/137‑1 (MQ=255) gCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑ccccccc‑ccag < 2:1068187/139‑4 (MQ=255) aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑cccccc > 2:176905/1‑131 (MQ=255) aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑cccccc < 1:176905/131‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCAt > 2:1106765/1‑139 (MQ=255) ttCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACg < 1:726690/139‑1 (MQ=255) ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGtt > 1:1112612/1‑139 (MQ=255) tGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCt < 1:161828/139‑1 (MQ=255) gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCAc < 1:710965/133‑1 (MQ=255) gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCAc > 2:710965/1‑133 (MQ=255) gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑ccccccc‑c > 1:1014877/1‑112 (MQ=255) gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑ccccccc‑c < 2:1014877/112‑1 (MQ=255) gTTAACCGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCCCTATTCATTTGAACCGTGCCCCCATTCTCCAGCTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GCCCCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCa < 2:268273/139‑1 (MQ=255) aCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtggt < 1:700158/139‑1 (MQ=255) cGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGa < 2:785110/139‑1 (MQ=255) tACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTc > 2:370010/1‑139 (MQ=255) aCATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:831404/139‑1 (MQ=255) ttCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGa < 2:1112612/139‑1 (MQ=255) tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGAc > 1:470522/1‑139 (MQ=255) ccccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 2:1041545/1‑139 (MQ=255) cGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 1:569062/139‑1 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGCACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑CCCCCCCTCACGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATcac > 1:575706/1‑139 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCa < 2:392019/112‑1 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCa > 1:392019/1‑112 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:405043/139‑1 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:151195/139‑1 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:1108430/139‑1 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTACCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTATCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:426306/139‑1 (MQ=255) ccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTg > 1:1088682/1‑139 (MQ=255) ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:1146254/139‑1 (MQ=255) ttCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:1106765/139‑1 (MQ=255) ttCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTCC‑‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt < 2:525967/139‑1 (MQ=255) aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGtt < 2:470522/139‑1 (MQ=255) ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 1:1041545/139‑1 (MQ=255) gTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt > 2:124566/1‑139 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:389158/112‑1 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg > 2:389158/1‑112 (MQ=255) gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 2:676308/109‑1 (MQ=255) gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 1:676308/1‑109 (MQ=255) gTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGa < 2:1081419/86‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGa > 1:1081419/1‑86 (MQ=255) ccgccgATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt > 2:576790/1‑106 (MQ=255) ccgccgATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt < 1:576790/106‑1 (MQ=255) ccgccgATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTc > 1:15030/1‑139 (MQ=255) gACACGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccc < 1:370010/139‑1 (MQ=255) cacGCAGT‑GCCCCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:552863/71‑1 (MQ=255) cacGCAGT‑GCCCCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg > 1:552863/1‑71 (MQ=255) cacGCAGT‑GCCCCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTTTGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCAAAAGCAATTTcccc > 1:692976/1‑139 (MQ=255) cacGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGc > 2:34080/1‑71 (MQ=255) cacGCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGc < 1:34080/71‑1 (MQ=255) gCAGT‑GC‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTCATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccc < 2:1088682/139‑1 (MQ=255) | CATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGT‑G‑‑CCCCCCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC > NC_000913/1593991‑1594256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |