| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 4,334,583 | Δ1 bp | 100% | intergenic (‑181/+145) | EK12AG100_RS21405 ← / ← adiA | DNA‑binding transcriptional activator AdiY/arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,334,583 | 0 | A | . | 96.2% | 594.1 / 13.0 | 133 | intergenic (‑181/+145) | EK12AG100_RS21405/adiA | DNA‑binding transcriptional activator AdiY/arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/4); new base . (71/57); total (72/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCG > NZ_LN832404/4334298‑4334866 | cATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCaaaaaaaagc > 1:34909/1‑293 (MQ=255) 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aaGGATAAAGAAAAGGC‑AAAAAAAAGCGCGGGGGGGGGGCGCGAAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATTCTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTGCAAGTCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTAt < 1:42601/294‑1 (MQ=255) ataaataaCAGGC‑AAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATCATTTACGACCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCCGGGAAATGGTTGTCCCAGGATTGCAGCGAGTGTAAATCACTTAGTTCCGGACCTTTTTTATcccc > 2:444993/1‑295 (MQ=255) ataaaaaaCAGGC‑AAAAAAAAGCGGGGGGTGGGGCAGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGcc < 2:479588/295‑1 (MQ=255) | CATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAATACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCG > NZ_LN832404/4334298‑4334866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |