| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 2,123,905 | A→G | 100% | L196L (TTG→CTG) | EK12AG100_RS10745 ← | UDP‑glucose‑‑undecaprenyl‑phosphate glucose‑1‑phosphate transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 2,123,905 | 0 | A | G | 100.0% | 263.7 / ‑6.7 | 76 | L196L (TTG→CTG) | EK12AG100_RS10745 | UDP‑glucose‑‑undecaprenyl‑phosphate glucose‑1‑phosphate transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (40/35); minor base T (0/1); total (40/36) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GGGAGATCAGCAGCAGAATAAGCGTCGCCAGCACAATGTCTTCCGCACGTTTGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAACTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCATTTGCCCGGCGGCTAAATCCCCCGCCACCGCGACCATGCGCTTGTTATAGCCATGATTACGCAGCCAGCCCGCCCCAATGCGAATACACGAACGGCAAACCACCAGTCCGATGCTGGTCAGCGCATACCACGCCAGCCAGATTTTCAGTTGCGTGTCGAAATCATTGTTGAACGCCA > NZ_LN832404/2123620‑2124195 | gggAGATCAGCAGCAGAATAAGCGTCGCCAGCACAATGTCTTCCGCACGTTTGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATCTAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAg > 1:310330/1‑295 (MQ=255) agaTCAGCAGCAGAATAAGCGTCGCCAGCACAATGTCTTCCGCACGTTTGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGtt > 1:27791/1‑295 (MQ=255) aTCAGCAGCCGAATAAGCGTCGCCAGCACAATGTCTTCCGCACGTTTGAGCAGGCTGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGAACAGCAGCACCGAGCAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAAGCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTAc < 1:647150/295‑1 (MQ=255) gAATAAGCGTCGCCAGCACAATGTCTTCCGCACGTTTGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCTGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCCGTTGCAGGTTCCCCGCCCAGTc > 1:107732/1‑295 (MQ=255) aTAAGCGTCGCCAGCACAATGTCTTCCGCACGTTTGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACACGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGt > 1:318804/1‑295 (MQ=255) cacaATGTCTTCCGCACGTTTGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAACGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGCTATAGACGTTCTGAACCTTGCCCGCTTTCGCGTCCCCGACCCGCTGTTGCCGGTTCCCCGCCCAGTCGTTAGAAACCACGccc > 2:523945/1‑295 (MQ=255) caATGTCTTCCGCACGTTTGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCCTCCCCGTCTAGACGTTATGAAACTTTCCCGCTCTCCCGTCCACGACCACCTGCTCGCGGTTCACCGTCCCGTCGCTGGAACCCCCACCCgg > 2:462174/1‑295 (MQ=255) 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cACGTTTGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTg > 1:489236/1‑295 (MQ=255) gTTTGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTCTGAATCTTTCCCGCTTTCGCGTCCCCGCCCAGCCGTTGCAGGTTACCCGCACCGGCCTTAGAACCGCCCCCCCGTTTCCGGGCGTgcga > 2:616082/1‑292 (MQ=255) ttGAGCAGGCGGTTAACCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTaaa < 1:228899/295‑1 (MQ=255) 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aaCCCCGGAAAGCGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAAAGCCCACCACTTCa > 1:186777/1‑295 (MQ=255) ggAAGGGGGCGGGGCGTAAGGGGGGACCACCGGGACGCCGTTCAGCGGTGCGAGGCGTGAATGGGGAAGGTTGAAGGTAGAGACGGCGGGGATCAGCAGCGCCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCt < 2:236522/295‑1 (MQ=255) aaGGGGCGTGTCGTAAAGCGGCACCACCGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCG‑CGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAAc < 1:8509/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |