| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 4,581,954 | G→A | 77.5% | Q427* (CAA→TAA) | hsdR ← | type I restriction‑modification system endonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,581,954 | 0 | G | A | 77.5% | 189.2 / 51.8 | 93 | Q427* (CAA→TAA) | hsdR | type I restriction‑modification system endonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/12); new base A (36/36); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
AGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCAGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGT‑GCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTT > NZ_LN832404/4581666‑4582242 | aGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCAGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGc < 1:534584/290‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |