| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,206,446 | 0 | C | A | 34.7% | 144.8 / 30.0 | 76 | intergenic (‑190/‑17) | ttdR/ttdA | transcriptional activator of ttdABT/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/40); new base A (11/15); total (20/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.18e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACC‑ACA‑TTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCC‑AGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAA‑CAGGCAGTGAATAAGTTGAC‑AGAGATTGT‑CGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGAC > NC_000913/3206218‑3206681 | tACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGTTTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACC‑ACA‑TTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAAATTTTTC‑AGAAAAATACaaaaaaatga > 1:589523/1‑234 (MQ=255)tACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACC‑ACA‑TTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTT‑CGACAAATAaaaaaaaagga > 1:1429123/1‑234 (MQ=255)tACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACC‑ACA‑TTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAAATTTTTC‑AGACAAATACaaaaaaaaga > 2:1503932/1‑234 (MQ=255)tACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACC‑ACA‑TTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGAGGAGTTTTTC‑TTAAaaaaacaaaaacagag > 2:1022778/1‑235 (MQ=255) 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TACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACC‑ACA‑TTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCC‑AGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAA‑CAGGCAGTGAATAAGTTGAC‑AGAGATTGT‑CGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGAC > NC_000913/3206218‑3206681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |