| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,745,042 | 0 | A | C | 32.2% | 92.5 / 10.1 | 97 | D80A (GAC→GCC) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/35); new base C (0/29); total (32/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.03e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCA‑TTGTT‑GACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGGCGGCATTATCGCGCCAATTATTCCCCCTTCCATTCC > NC_000913/3744811‑3745267 | tgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGGAAGCATGAGTGCGGGGGGCTTGTCAAATACCA‑CTGTC‑GACCTGCCg > 2:2864805/1‑239 (MQ=255)tgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGGGAAATCATGAATGGGGGCGGCTTGTCAAAACGCA‑TTGTT‑TAGCTGCCg > 1:1104198/1‑239 (MQ=255)tgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGGGAAATACAGTATTCGGGCGGGTTGTGAAAACCCA‑ATGTT‑TACccgccg > 1:3285921/1‑239 (MQ=255) cTGATTTTTCGGGGTTGTTGGTTGGGTGGTTTTGCTCGCGGTTGTCCTAGTGCCTGGGCACTGTTGTTGGGCGGGGCGGCGTTAATGTGCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGAGAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATAATGAATGCGGGGGGCTTGTAAAAACGCA‑TTGTT‑GCCCTGCCGAt < 2:1923812/239‑1 (MQ=255) aTTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGGAATCATGAATGCGGGGGGCTTGTCCAAACGCA‑TTTTT‑GACCTGCCGATGaa > 1:2931676/1‑239 (MQ=255) tttttCTGGTTTGTCTGTGGGGTGTTTTTGTTTTCGGTTTGCTTATGGCCTGGCCTTTTTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATAAGGGCACAACCGGTGGTGAAG‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGGGGGTGAAATCATGAATGCGGGGGGTTTGTCAAAACGCA‑TTGTT‑GACCTGCCGATGaaa < 2:3172834/239‑1 (MQ=255) ttttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCGGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTT‑GATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAC‑GGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCA‑TTGTT‑GACCTGCCGATGAAAc < 1:656451/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |