| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,731,724 | 0 | G | A | 31.7% | 118.0 / 19.5 | 60 | L198L (TTG→TTA) | xylF | D‑xylose transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/6); new base A (0/19); total (35/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCAAATACTGCCGC > NC_000913/3731517‑3731954 | cGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCaata > 1:741453/1‑239 (MQ=255) ggTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAAt > 2:1474594/1‑239 (MQ=255) actcTGCAGGCAAATGCCCTGTTCGATTTTGTCCCACAAGGTATTTACTCCCTGAGGGGGCGCTCGCCGGTATATAACACCCCCAAGCTGTCCCGCGCCGGAAAAATAAAAGTGTAAAACCC‑TTCCGTTGATTCCGAAAAAATAAAAGTCTTGGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGTTTACAGAAAACCAAATTAAAATT‑TATGGAAAC‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTg < 2:1371596/235‑1 (MQ=255) acAAAACCCTTGGTCTATTTTGTCCCGCAAGATATTTACTTCCGGATGGGCGGCTCGCGGGTAAAAAACACCGCAAAGCTGTCCCGCGCCAGAAAAAAGAAAGTGTAAAACCC‑TTACTTTGTTTCGGAAAAAATAAAGGTCTTGGGTAACAAAGGGG‑TGGA‑TGGCTGGTTCCCGAAAACCGCATAAAAAAT‑TATGGAAAC‑CGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAg < 2:757011/237‑1 (MQ=255) ctgggTTGATTTTGTCCCGAAAGGTAATTACTTCCTGAGGGGCGGCTCGCCGGTAAAAACCAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGAAAAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCGGGAAAAATAAAAGTGGTTGGTGACCAATGGT‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGAAAAACGCATTAAAAAT‑TATGAAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCa < 2:1607176/235‑1 (MQ=255) gTCGATATTGTTCCGAAGGGTAATTCCTTCCGGATGGGCGGCTCGCGGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTCCCGCGCCGGAAAAATGAAAGTGTTAAACCC‑TTACGTTGATTCCGAAAAAATTAAAGTCGTGGGTGACCAATGGT‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGAAAAACGAATTAAAAAT‑TAGGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACaa < 2:1325423/212‑1 (MQ=255) tatTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACAATGcc > 1:454799/1‑238 (MQ=255) tatTGTTCCGAAAGTTAATTCCTTCCGGATGGGGGGCTCGCCGGTAGAAAACAACGCCAGGCTGTTCCGCGCCGGAAAAATGAAAGTGTAAAACCC‑TTACGTTGATTCCGAAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACAAATGGG‑TTGA‑TGGTTGGTTACCGAAAAACGCATTAAAAAT‑TATGAAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAAtt < 2:874858/211‑1 (MQ=255) ttCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCt > 1:1325423/1‑212 (MQ=255) cAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAg > 1:874858/1‑211 (MQ=255) cAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgg > 1:689705/1‑239 (MQ=255) aGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGACAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgggg < 2:53382/239‑1 (MQ=255) tAATTTCTCCCTGGTGGGCGGCACGACGGTAAAAAACAACGCCAGGCTGTTTCGCGCGAGAAAAATGAAAGTGATAAACCT‑TTATGTTGATTCCGAAAAAATAAAAGTCGTTGGTGACAAATGGT‑TTTA‑TGGTTGGTTACCGGAAAACCCATTAAAAAT‑TAGGGAAAC‑CCTGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGc < 2:584833/237‑1 (MQ=255) tcccggATGGGCGGCTCGCCGTTAGAAAACACCGCCAAGCTGTCCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAACCC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATAAAAGTCGTGGTTCACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGAAAAACGCATTAAAAAT‑TATGAAAAC‑CCCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAg < 2:890438/194‑1 (MQ=255) tCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCa > 1:1280667/1‑239 (MQ=255) cTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCAtt > 1:962121/1‑239 (MQ=255) tGATGGGCGGCTCGCCGGTAGAAAACAACGCAAAGCTGTCCCGCGCCGGACAAATAAAATTGTTAAACCC‑TTACGTTGATTCCGAAAAAATAAAAGTGGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACAGAAAAACGAATTAAAATT‑TAGGAAAAC‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAgg < 2:628947/220‑1 (MQ=255) gcggcTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCaaa > 1:890438/1‑199 (MQ=255) cggcTGGCAGGTAGAAAACAACCCCAAGCTGTCCCGCGCCGGAAAAATGAAAGTTTAAAACCC‑TTACGTTGATTCCGAAAAAATTAAAGTCGTTGGGGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGTTCACCGAAAAACGCATTAAAAAT‑TATGAAAAC‑CGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAgcgcg < 2:1448892/238‑1 (MQ=255) cTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAAtt > 1:628947/1‑220 (MQ=255) cTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAg > 2:667161/1‑239 (MQ=255) cGGTAGAAAACAACGCCAAGCTGTCCCGCGCCGGAAAAAAAAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGAAAAAATAAAAGTCGTTGGTGCCCAAGGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTCCCGAAAAACGCATTAAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCaat < 2:192881/158‑1 (MQ=255) gATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑cgcg > 2:1395601/1‑141 (MQ=255) gATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑cgcg < 1:1395601/141‑1 (MQ=255) caacGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACaaaa > 1:192881/1‑158 (MQ=255) cgcgAAGTTGTTCGGCACAGGAAAAATGAAAGTTTTAAAACT‑TTCCGTTTATTCCGAAAAAATTAAGGTCTTTGGTGACCAGTGGG‑TGGT‑TGGCTTTTTCCGGAAAAACGCATTGAAATT‑TATGAAAAC‑CCCGATAACCGCCAATAATAACAAAAt < 2:422182/156‑1 (MQ=255) cGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTa > 1:506878/1‑238 (MQ=255) cGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGAAAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGGTTATCAGGGAAAGTAg > 1:907188/1‑239 (MQ=255) aGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCaa > 1:1089948/1‑237 (MQ=255) ttCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAACACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTa > 1:422182/1‑156 (MQ=255) cccgagcggaaCAAATGAAAGTTTTAAACCC‑TTTGTTTGATTCCGAAAAAATTAAGTTGGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGAAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAC‑CGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGc < 2:903217/229‑1 (MQ=255) cgcCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAgg > 1:710451/1‑239 (MQ=255) gaaaaaaaGAAAGGTTTAAAACC‑TTTACTTAATTCCAAAAAAAATAAAATGCGTGGGAAACAATGGG‑TTGG‑AGGGTGGTTAACGAAAAACCCCATAAAAAA‑TAAGGAAAACCGCCCAACCCGCCAATAATAACAAAATTGAGGCTGTAGTTGCCTCAAAc < 2:1183032/156‑1 (MQ=255) gACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGCGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGAt > 1:1327778/1‑140 (MQ=255) aaaGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCg > 1:1183032/1‑160 (MQ=255) tgtAAAAACT‑TTACGTTGATTCCGAAAAAATTAAGGTCGTTGGTAACAAAGGGG‑TTGA‑TGGTTGGTAACGGAAAAACGCATTAAAAAT‑TAGGAAAAC‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAAt < 2:626328/211‑1 (MQ=255) tttAAAATCTTTACGTTGATGCGGAAAAAATTAAAGTCGTTGGTGAACAAGGGG‑TTGA‑TGGCTGGTAACCGGAAAACACATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGAt < 2:1092283/229‑1 (MQ=255) tAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTAtt > 1:816778/1‑239 (MQ=255) ccc‑TTGCGTTAAGTCGGGAAAATTAAAAGTGTTGGGTGCACAATGGT‑TTGA‑GGGCTGTTTACGAAAAAACGAATTAAAAAT‑TATGAAAAC‑CGCGATAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAAc < 2:511720/238‑1 (MQ=255) ttACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCCGGTGGGGCAATTTAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATTCCGCAGGGATTaaaagaa > 2:11536/1‑235 (MQ=255) ttACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAg > 1:626328/1‑211 (MQ=255) ttACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTa > 1:1092283/1‑230 (MQ=255) aCGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTAtt > 1:695314/1‑239 (MQ=255) ttCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGC‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTaa > 1:1528241/1‑161 (MQ=255) aaaaTAAAGGCGGTGGGGAACAAAGGGTTTGA‑TGGCGGTTTACAGAAAAACCATTTAAAAAT‑TAGGGAAAC‑CGCGCAACCCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCa < 1:260920/239‑1 (MQ=255) aGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATg > 1:98584/1‑238 (MQ=255) tgttgggTGA‑CAATGGGTTTGA‑TGG‑TTGTTTCCGGAAAAACGAATGAAAATGTAGGAAAAC‑CGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACg < 2:741453/234‑1 (MQ=255) tgTTGGTGA‑CAAGTGG‑TTGAGGGGGTGGTTACCGAAAAACGAATAAAAAAT‑TATGAAAAC‑CGCCCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACg < 2:506878/237‑1 (MQ=255) ggTTGGGGACAAATGGT‑TTGA‑AGGATGGTTACGGAAAAACTCATTAAAAAT‑TAGGAAAAC‑CGCGATAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACg < 1:645749/237‑1 (MQ=255) ctttGGTCACCAGTGGG‑TTGA‑GGGCTGGTAACAGAAAAACGAATTAAAAAT‑TATGAAAAC‑CGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACg < 2:218709/236‑1 (MQ=255) ctttGGTAACCAAGGGT‑TTGA‑TGGCTGGTACCCGAAAACCGAATAAAAAAG‑TAGAGAAAC‑CGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACg < 2:542510/236‑1 (MQ=255) ttGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGAc > 2:1620464/1‑235 (MQ=255) gACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTCACCGAAAAACGCAATAAAAAT‑GAGGAAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGtata < 2:695314/238‑1 (MQ=255) aCCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGtt > 1:72674/1‑147 (MQ=255) aCCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATaa > 1:1422369/1‑238 (MQ=255) ccAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATaaa > 1:218709/1‑238 (MQ=255) a‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTAc > 2:1215199/1‑235 (MQ=255) gTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATg > 1:1058329/1‑65 (MQ=255) aCCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTACGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCACACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCAAAt > 1:1482604/1‑238 (MQ=255) aaCGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCAAATACTGCCGc > 1:261804/1‑239 (MQ=255) | CGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACC‑TTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAATGGG‑TTGA‑TGGCTGGTTACCGGAAAACGCATTGAAAAT‑TATGGAAAA‑CGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCAAATACTGCCGC > NC_000913/3731517‑3731954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |