| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,844,219 | 0 | T | G | 38.4% | 175.3 / 21.5 | 86 | F86V (TTT→GTT) | adeD | cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/43); new base G (33/0); total (43/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.88e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAATTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGAC‑GC‑C‑GGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCG‑CCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGC > NC_000913/3843985‑3844454 | aaaTTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCCACGGCGGGGGCCGGGGtttt > 1:1550311/1‑238 (MQ=255)aaaTGTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGTTTA‑t < 1:1335542/239‑1 (MQ=255) tcatcaCATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGTTTA‑TTGATg < 1:840634/239‑1 (MQ=255) ggtcTGTATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATGCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCATAtt < 1:2002038/236‑1 (MQ=255) 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tGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGAC‑GC‑C‑GGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTgacgac < 1:471493/138‑1 (MQ=255) tGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGAC‑GC‑C‑GGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGa > 1:1417180/1‑150 (MQ=255) tGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGAC‑GC‑C‑GGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGa < 2:1417180/150‑1 (MQ=255) tGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGGTTT‑TTTATGCCCACCTGCATATTGAATCCAGCATGGTTAC‑GC‑C‑GGTCACTTTTGAAACCGCCACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTTCGACCCCCCTTAAATCGCCCACGGGCTGGGCGACGCCGGATTCG‑CCTGGTTTTCCCCCGTTGCCGTGCAGGCAAGGCCAAACCacactctac > 2:668663/1‑231 (MQ=255) tGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGGTTA‑TTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGAC‑GC‑C‑GGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGGGATGGGCGAAGCCGGATTCG‑CCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTAc > 1:1512305/1‑239 (MQ=255) cTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCACGGGTTA‑TTGATGCTCACCTGCATATTGAAACCAGCACGATGAC‑GC‑C‑GGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCCCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCACGAAATAGTCCACGGTATGGGCGAAACCGGAGTCG‑GCCCGGTTGCCCGCGGGTGCGGACCGGCAAGGCCAAACCaagtcttcaag > 2:577198/1‑229 (MQ=255) tCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GGTGCCAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGAC‑GC‑C‑GGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCG‑CCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACaggcaaggc < 1:2135694/221‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |