| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 433,634 | 0 | T | G | 31.2% | 111.4 / 17.3 | 80 | G60G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/41); new base G (19/6); total (33/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTC > NC_000913/433401‑433871 | ttCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaa < 2:719653/237‑1 (MQ=255) gATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAGCCaa > 1:224014/1‑239 (MQ=255) tatCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑g < 1:1322219/239‑1 (MQ=255) tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAACCAAA‑AGGGCGACCg > 1:205126/1‑238 (MQ=255) gcgggcCGGGAGGACTAAGCGGGGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGAATCCCACCCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCACCAA‑CGTGCGGGTAAACCACATGCCGAAGTCCCCGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCg < 2:1024995/238‑1 (MQ=255) gcgcgcCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTCCATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGa < 1:146423/239‑1 (MQ=255) gcgcCTGGAGGACAAGGCCGGGCAGGACGATT‑ATTACAGGGCGCGGGCGCAAAAGCGGGCGAAACGAGGACTTTTTACCACGCACCCAAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCAAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCGTAGGGG‑GGGTGAAAAAGCAAAG‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGaa < 2:205126/238‑1 (MQ=255) 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gaCTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGt < 1:1249018/218‑1 (MQ=255) cTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAACCCAAA‑GG‑GGGAGCCCCCCTTTCACACTCGAACCCtcgaggcccc > 2:373337/1‑230 (MQ=255) gCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGGGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTATACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAACCAAA‑AAGGCGACCGCCCCTGTCGAAACCGAAcccccatgc > 2:601194/1‑225 (MQ=255) ccGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAACGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaa < 1:620763/185‑1 (MQ=255) 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tttACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCTTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCg < 1:631889/195‑1 (MQ=255) tACCAGGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGGGCGTCATTGTAAAAGATGGCGAAATGGTCGGGGAAGGTTACCACCAA‑CGGGCGGGTGACCCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCTAATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTa < 2:473404/185‑1 (MQ=255) cACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATgg < 1:535956/177‑1 (MQ=255) cATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGGAAAAACCAAA‑AGAGCGACCCGCCATGTcaca > 2:726631/1‑150 (MQ=255) 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a‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaa > 1:123788/1‑52 (MQ=255) gggTGAACCCAGTGCAGAGGTACGCGCGTGGGGTATGGG‑GGGGGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGc < 1:624068/238‑1 (MQ=255) ggTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTTTGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATTGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GCGGGTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAAc > 1:185748/1‑174 (MQ=255) ggaacccACTTGCAAAAGTGCCCGCGTTGCGTATGGC‑GGGGAAAAAACCCAAG‑GGTGGGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACg < 1:85687/229‑1 (MQ=255) 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gCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCCATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGa > 1:572370/1‑239 (MQ=255) aGTCCACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAGGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCg < 1:181592/239‑1 (MQ=255) aGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCg < 1:1002946/239‑1 (MQ=255) aGTACACGCGTTGCGTAGGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCg < 1:1007476/239‑1 (MQ=255) tACACGCTTTGCTTATGGG‑GGGTG‑AAAAGCCAAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCa < 2:529503/145‑1 (MQ=255) gcgcgTTGCGTAGGGC‑GGGTAAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCaa < 1:201838/238‑1 (MQ=255) acGCGTTGCGTAGGGG‑GGGGAAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTGCGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCaa < 1:584393/239‑1 (MQ=255) gcgTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑a > 1:774941/1‑64 (MQ=255) gcgTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑a < 2:774941/64‑1 (MQ=255) gCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCCTCATGGTCGTACGCCACCCGGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAAc > 1:529503/1‑145 (MQ=255) gCGTATGGC‑GGGGGAAAAAACCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACCCGAACCCCGT‑AGCCATCCTGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCCCTGGCGTAGCGCGC‑GGGGTTGCCT‑CGCTGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCACCAGGCTGGCATTGACGTCAGCCCCGGCCTGATGTTGCGTGAAGCCGAGCAATTTAATa > 2:1362529/1‑239 (MQ=255) caaaTGGG‑GGGTAAAAAAGCAAAG‑GGTGGGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCt < 2:1015239/124‑1 (MQ=255) cGTATGGG‑GGGGGAAAAAGCCAAA‑GGTCCCCCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTa < 2:992075/73‑1 (MQ=255) cGTAGGGC‑GGGGGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGGCCGCCTATGTCCCACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGGGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGc < 1:601281/207‑1 (MQ=255) gTGAAAAAGCCCAA‑GGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGGCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACCCATCCCCCCCGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCC‑CGATGCAAGATCCTAACCCCCGTGTCGCTGGGGGGGGGCTTTCCCGTCTGCCACAGGCCGGCACTGTCGTCAGCCACGCCCCGATGAGGAGTGAAGCCCAGCAATTGAATCAAGGCATtctc > 2:737738/1‑239 (MQ=255) gTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTATGTTCCACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGGACCCATCGCCGCTGGCGGAGCGCGC‑GGGGGTGCCT‑CGATGCAAGa > 1:1015239/1‑127 (MQ=255) | TTCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTC > NC_000913/433401‑433871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |