| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 433,649 | 0 | T | G | 39.7% | 41.4 / 24.2 | 71 | G65G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/36); new base G (21/6); total (29/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAG > NC_000913/433419‑433874 | tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAACCAAA‑AGGGCGACCg > 1:205126/1‑238 (MQ=255) gcgggcCGGGAGGACTAAGCGGGGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGAATCCCACCCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCACCAA‑CGTGCGGGTAAACCACATGCCGAAGTCCCCGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCg < 2:1024995/238‑1 (MQ=255) gcgcgcCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTCCATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGa < 1:146423/239‑1 (MQ=255) gcgcCTGGAGGACAAGGCCGGGCAGGACGATT‑ATTACAGGGCGCGGGCGCAAAAGCGGGCGAAACGAGGACTTTTTACCACGCACCCAAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCAAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCGTAGGGG‑GGGTGAAAAAGCAAAG‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGaa < 2:205126/238‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCcatca < 1:559087/180‑1 (MQ=255) ttttACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTAAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGc < 1:726631/150‑1 (MQ=255) tttACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCTTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCg < 1:631889/195‑1 (MQ=255) tACCAGGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGGGCGTCATTGTAAAAGATGGCGAAATGGTCGGGGAAGGTTACCACCAA‑CGGGCGGGTGACCCACATGCCGAAGTACCCGCGTTGCTAATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTa < 2:473404/185‑1 (MQ=255) 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1:258109/188‑1 (MQ=255) gCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCCATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGa > 1:572370/1‑239 (MQ=255) aGTCCACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAGGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCg < 1:181592/239‑1 (MQ=255) aGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCg < 1:1002946/239‑1 (MQ=255) aGTACACGCGTTGCGTAGGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCg < 1:1007476/239‑1 (MQ=255) tACACGCTTTGCTTATGGG‑GGGTG‑AAAAGCCAAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCa < 2:529503/145‑1 (MQ=255) gcgcgTTGCGTAGGGC‑GGGTAAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCaa < 1:201838/238‑1 (MQ=255) acGCGTTGCGTAGGGG‑GGGGAAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTGCGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCaa < 1:584393/239‑1 (MQ=255) gcgTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑a > 1:774941/1‑64 (MQ=255) gcgTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑a < 2:774941/64‑1 (MQ=255) gCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCCTCATGGTCGTACGCCACCCGGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAAc > 1:529503/1‑145 (MQ=255) gCGTATGGC‑GGGGGAAAAAACCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACCCGAACCCCGT‑AGCCATCCTGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCCCTGGCGTAGCGCGC‑GGGGTTGCCT‑CGCTGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCACCAGGCTGGCATTGACGTCAGCCCCGGCCTGATGTTGCGTGAAGCCGAGCAATTTAATa > 2:1362529/1‑239 (MQ=255) caaaTGGG‑GGGTAAAAAAGCAAAG‑GGTGGGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCt < 2:1015239/124‑1 (MQ=255) cGTATGGG‑GGGGGAAAAAGCCAAA‑GGTCCCCCCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTa < 2:992075/73‑1 (MQ=255) cGTAGGGC‑GGGGGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGGCCGCCTATGTCCCACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGGGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGc < 1:601281/207‑1 (MQ=255) gTGAAAAAGCCCAA‑GGGGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGGCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACCCATCCCCCCCGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCC‑CGATGCAAGATCCTAACCCCCGTGTCGCTGGGGGGGGGCTTTCCCGTCTGCCACAGGCCGGCACTGTCGTCAGCCACGCCCCGATGAGGAGTGAAGCCCAGCAATTGAATCAAGGCATtctc > 2:737738/1‑239 (MQ=255) gTGAAAAAGCCAAA‑GGGGCGACCGCCTATGTTCCACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGGACCCATCGCCGCTGGCGGAGCGCGC‑GGGGGTGCCT‑CGATGCAAGa > 1:1015239/1‑127 (MQ=255) aaaaaGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAg < 1:54714/239‑1 (MQ=255) | TTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGT‑ATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCC‑GAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAA‑GGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGT‑AGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGC‑GTGGTTGCCT‑CGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAG > NC_000913/433419‑433874 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |