| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,742,506 | T→G | L365R (CTC→CGC) | cfa → | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase, SAM‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,742,506 | 0 | T | G | 98.3% | 200.6 / ‑3.2 | 58 | L365R (CTC→CGC) | cfa | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (36/21); total (36/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
CTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGCGCCAAGTTTTTTCTTCCCAAGAGTC > NC_000913/1742283‑1742736 | ctgccCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCg < 1:609554/235‑1 (MQ=255) tACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCAcgc < 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aTTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGa > 1:276366/1‑236 (MQ=255) tCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGCTGCTTTCGTCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTTTTCCGCGGTGTTGAAAACGGCCt > 2:428664/1‑236 (MQ=255) aGCGAACCCACCTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATGCTACGTTGAGGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCAcg < 2:142600/215‑1 (MQ=255) cccACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGtt > 1:142600/1‑215 (MQ=255) cccACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTgg > 1:572702/1‑234 (MQ=255) tgtgATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTaaa < 2:382269/236‑1 (MQ=255) gATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGc > 1:710230/1‑236 (MQ=255) 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cGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGAt < 1:163187/231‑1 (MQ=255) ttGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAAGGAATGTTTACCTAGTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCtt < 2:642718/236‑1 (MQ=255) ggCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTTAAGGGTA‑ATCTATTGTCCCCTCCCCGGGGGCGGATTCCGATCAgggct > 2:163187/1‑228 (MQ=255) 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CTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGCGCCAAGTTTTTTCTTCCCAAGAGTC > NC_000913/1742283‑1742736 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |