| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,093,771 | A→C | E299A (GAA→GCA) | ycdT → | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,093,771 | 0 | A | C | 97.6% | 420.8 / ‑3.8 | 129 | E299A (GAA→GCA) | ycdT | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base C (59/65); total (62/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGAACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACGACACCTGGGGGCATCC > NC_000913/1093674‑1093870 | tttATGTGCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCAc > 2:1018782/1‑100 (MQ=255)tttATGTGCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCAc < 1:2951750/100‑1 (MQ=255) tgtgCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGAc < 1:983204/100‑1 (MQ=255) tgCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAg < 2:2466568/100‑1 (MQ=255) tgCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAg > 1:1485322/1‑100 (MQ=255) tgCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAg < 2:3303848/100‑1 (MQ=255) gCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGt > 1:3776790/1‑100 (MQ=255) gCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGt > 2:219563/1‑100 (MQ=255) ccATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGtt > 1:1633910/1‑100 (MQ=255) cATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTc > 1:419109/1‑100 (MQ=255) cATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTc < 1:1018707/100‑1 (MQ=255) cATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTc < 1:1326140/100‑1 (MQ=255) atatatTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCa < 2:164245/100‑1 (MQ=255) tatatTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCaa < 2:2783989/100‑1 (MQ=255) tatatTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCaa > 1:3771525/1‑100 (MQ=255) tatTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAatc < 1:2782324/100‑1 (MQ=255) atTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAatca > 1:3923186/1‑100 (MQ=255) cAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAatcagca > 1:1232535/1‑100 (MQ=255) cAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAatcagca > 1:1981787/1‑100 (MQ=255) cAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAatcagca > 1:1231775/1‑100 (MQ=255) cAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATAGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAatcagca < 2:2105812/100‑1 (MQ=255) aGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAatcagcat < 2:1223753/100‑1 (MQ=255) aGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCACTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAatcagcat < 2:1534470/100‑1 (MQ=255) aGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACAACGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGAACTGACAGTTCAatcagcat > 2:3596538/1‑100 (MQ=255) tGCGCTACGAGGAACAAAGAACATTGCACATCGCTATTCCTTAACCAAGATATTTAACATAAATTATTTTTTTTAATGCACTGACAGTTTAatcagcatc < 2:820565/100‑1 (MQ=255) cgcTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAAGATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAatcagcatcagc > 1:3940200/1‑100 (MQ=255) gcTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCTATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCGCTGACAGGTCAATCAGCATCAGcc < 2:2427369/100‑1 (MQ=255) gcTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGcc > 1:3028294/1‑100 (MQ=255) gcTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGcc > 1:346254/1‑100 (MQ=255) cGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCaaa > 2:1123567/1‑100 (MQ=255) gAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCaaaa > 1:3560506/1‑100 (MQ=255) gTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCaaaaaa < 2:712080/100‑1 (MQ=255) tAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAAc < 1:1221731/100‑1 (MQ=255) aaCAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACg > 2:2772625/1‑100 (MQ=255) aCAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGc > 1:1944686/1‑100 (MQ=255) cAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGcc > 2:1275351/1‑100 (MQ=255) cAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAA‑TA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCt > 1:2852611/1‑100 (MQ=255) aaaGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACGAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCt > 1:3090130/1‑100 (MQ=255) aaaGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCt < 1:2280133/100‑1 (MQ=255) aaGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCtt < 1:3280519/100‑1 (MQ=255) gAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTTTTTTTTTTTCAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTAt > 2:2781058/1‑100 (MQ=255) aaCATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTAtt > 2:3069753/1‑100 (MQ=255) cATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTTTTTTTTTTTCAATTCAATCACCATCAGCCCAAAACACGCTTTATTGc > 2:1862196/1‑100 (MQ=255) cATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGc < 1:1440770/100‑1 (MQ=255) aTTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCg > 1:1207818/1‑100 (MQ=255) tGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTc > 2:3890161/1‑100 (MQ=255) tGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTc < 1:945130/100‑1 (MQ=255) tGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTc < 1:2374176/100‑1 (MQ=255) cacaTCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCAt > 1:2290393/1‑100 (MQ=255) acaTCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATg < 2:478818/100‑1 (MQ=255) acaTCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGATCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATg > 1:3605924/1‑100 (MQ=255) caTCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGa > 1:2370887/1‑100 (MQ=255) caTCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGa > 1:3763507/1‑100 (MQ=255) aTCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGAt > 2:175183/1‑100 (MQ=255) cgcgATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTa > 2:1516075/1‑100 (MQ=255) cgcgAAACCTTAACCAATATAATTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGAACTGACAGTTTAATCAAAAAAAAAAAAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTa < 2:3420214/100‑1 (MQ=255) gcgATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTAt < 1:2492264/100‑1 (MQ=255) gcgATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTAt < 1:1319069/100‑1 (MQ=255) cgATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAATCGCCTTATTGCGTCATGATTATg < 2:84201/100‑1 (MQ=255) cgATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATg < 1:1820038/100‑1 (MQ=255) cgATCCCCTAACCAACATATTTAACGGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACACTTCAATCAGCATCATCCCAAAAAACGCCTTATTGCGCCATCATTATg > 2:2257630/1‑100 (MQ=255) gATCCCGCAACAAATATATTTCACAGAAAATA‑ATTTTTTAATTAACGGATTGTACAATAAGAATAAAAAAAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATgg < 2:1365430/100‑1 (MQ=255) aTCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGa < 2:1704359/100‑1 (MQ=255) aTCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGa < 1:86178/100‑1 (MQ=255) cccTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGata > 2:1758952/1‑100 (MQ=255) cccTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGata > 1:2652431/1‑100 (MQ=255) ccTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGatat > 1:3307960/1‑100 (MQ=255) cTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATc > 2:2355707/1‑100 (MQ=255) tAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGa > 1:3925034/1‑100 (MQ=255) 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atTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATTCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCaaa > 2:1155139/1‑100 (MQ=255) tttAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCaaaa > 1:216478/1‑100 (MQ=255) aaCAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAg < 1:2591450/100‑1 (MQ=255) aaCAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAg < 2:1372964/100‑1 (MQ=255) cAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTc < 2:2396542/100‑1 (MQ=255) cAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTc > 1:3285796/1‑100 (MQ=255) cAGAAATTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTc > 1:2845161/1‑100 (MQ=255) 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aaTTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACg < 1:818779/100‑1 (MQ=255) aaTTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACg < 1:1565140/100‑1 (MQ=255) aaTTA‑TTTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACg < 2:376746/100‑1 (MQ=255) a‑ttTTTTTAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACGacac < 2:1297347/100‑1 (MQ=255) tttttttAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACCCCCTTTTTTTTCTTTTTTATGTATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACGACAcc > 2:3236617/1‑100 (MQ=255) tttttAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCATATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCGACGACACCTg < 2:3683748/100‑1 (MQ=255) ttAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACGACACCTgggg > 2:1111409/1‑100 (MQ=255) tAATGCACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACGACACCTggggg > 1:2383943/1‑100 (MQ=255) aaTGCACTGAGAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTAAAAGAAGTCAACGACACCTGGGGGc > 2:3785235/1‑100 (MQ=255) aaCTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACGACACCTGGGGGCATcc < 2:1310267/100‑1 (MQ=255) | TTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTACGAGTAACAAAGAACATTGCACATCGCGATCCCTTAACCAATATATTTAACAGAAATTA‑TTTTTTTAATGAACTGACAGTTCAATCAGCATCAGCCCAAAAAACGCCTTATTGCGTCATGATTATGGATATCGACCACTTCAAAAAAGTCAACGACACCTGGGGGCATCC > NC_000913/1093674‑1093870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |