| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,548,026 | 0 | A | G | 33.3% | 110.3 / 14.5 | 60 | I452V (ATT→GTT) | murP | N‑acetylmuramic acid permease, EIIBC component, PTS system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/34); new base G (20/0); total (26/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.49e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGGGCGTTGGTGAACCGCTGATTTACGGTGTCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCG > NC_000913/2547799‑2548235 | tgGGCGGTGGTGAACCGCTGATTTACGGTGTCACCCGGCCCCGAATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCa < 1:1083287/239‑1 (MQ=255) cccGCTGATTTACGGTGTCCCCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTCCCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑ggg < 1:1288129/237‑1 (MQ=255) cTGATTTACGGTGTCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCCTGGCGGCTTATGCT‑TGTGGGGTGTTT‑GGG‑GGCAT‑GGG‑TTGC‑GGGGTTAt > 2:1243790/1‑239 (MQ=255) cTGATTTACGGTGTCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGGTTTTGCT‑GGCGGGGT‑TTT‑GGT‑GGCCT‑GGGGTTGC‑GGGttttt > 1:488161/1‑237 (MQ=255) gggtgcccccTGCCCCGAATGAGGCCGTTGGTTCCCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGGTAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTcaccac < 2:320736/232‑1 (MQ=255) tCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TTTGGGG‑GGCTT‑GGGTTTCG‑GGGTTTTTTTTC‑CCACGc > 1:320736/1‑237 (MQ=255) ccccGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCCTGGCGGTTTTTGCT‑TGCGGGGT‑TCT‑TGG‑GGCCT‑GGGGTTGC‑GGGGTTTTTTTCTCCCCCCTCtttt > 1:157330/1‑234 (MQ=255) ccccGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCCTGGCGGGTTTTGCT‑GGCGGGGG‑TCT‑TGTGGGGTT‑GGGTTTTG‑GGGTTT‑TTTTTACCACGCTCcttt > 2:73909/1‑234 (MQ=255) cgtggcgCCGTGTGTTCCCGCCTGGTTGGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGt < 2:1220382/232‑1 (MQ=255) cATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGGTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGCATGGGGTTTGG‑GGGTTT‑TTTTTACCACGCCCTTTGGGTGCCgca > 1:1220382/1‑237 (MQ=255) cATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGGCCGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGGCTGGTAGCGCTGCCGCTGAGGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGGTTATGATGGGGGGGGT‑GTT‑GGG‑GGGAT‑GGGGTTCG‑GGGGTTTTTGTCACCACGCCCTTTggtgg > 2:280459/1‑232 (MQ=255) gtgtcggCCTGTTGAGGCGTCGTCGCGGGCGTTTTGTTTATCTGTCTGATAGCGTGGTGGGGTCGACCGATGGGCTTAAACAGCGCGTTTGGGCCGGCTTGTCTGGTAGCGCTGCGGCTGATTGCTTCCGCACACGGCTTCCTTCCGGCCATGGCGATTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GTT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACCCTATTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGa < 2:198382/233‑1 (MQ=255) ttcccGCCTGTTTGGGGGGGGCGGGGGGGGGTTTTTTTATCGGCCTGGTAGCCTGGGGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGa < 2:1381426/235‑1 (MQ=255) aCCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑TGT‑GGGAT‑GGGGTTGG‑GGGGTTTTTTTTACCCCGCCCCTTTGGTGCCCGAACGCCCATTTgg > 1:794739/1‑235 (MQ=255) 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ggggTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGGAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TGT‑TGG‑GGGAT‑TGGGTTGG‑GGGGTTTTTTTTACCCCGc > 2:1130658/1‑153 (MQ=255) tGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGCAT‑GGGGTTGC‑GGGTTTTTTTTCACCACGCTCTTTTGCTGCCCTAACGTCAATCTGGGCTGATATCATTAAAAGTGCAAAGCCCCTTCTTTTTCTTCTGGGTTGTAGTTTTAGGGttatgg > 2:916387/1‑233 (MQ=255) tGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGa < 1:1005516/193‑1 (MQ=255) gCTTAAACAGCGCCTTTGGGCTGGCTGTTCTGGTCGCGCTGCCGCTGATGCCTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAgcg < 1:1348928/229‑1 (MQ=255) 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cTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCAt < 1:1094812/175‑1 (MQ=255) ttAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATAcc < 1:1243790/239‑1 (MQ=255) tAAACGGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCGGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTGCCGCCCAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATAccc < 1:405/239‑1 (MQ=255) aaCAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCAGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATg < 1:1002203/184‑1 (MQ=255) 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cgcCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGGTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑TGG‑GGCAT‑GGGGTTTC‑GGGGTTTTTTTTCCCACGCCCTTTTGGTGCCGGAACGGCAATTTGGGCTTGTATCATTAAACGGAAAAAGCTCTATCTTTTTCTTCTCGCTGTTTGTTTTAGAGTCAGCGCCGCGAAATATCCCGttttt > 2:1268039/1‑236 (MQ=255) cTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTcacc < 1:444130/121‑1 (MQ=255) tctggtctggTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCCAAATACCCCGTTCTGACAGAAAGCTCg > 1:1159856/1‑238 (MQ=255) tctggtctggTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGCAT‑GGGGTTGC‑GGGGTTTTTTTTACCACGCCCTTTg > 2:444130/1‑121 (MQ=255) tctggtctggTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGG‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGGTTATTTTTACCACGCTCCTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACACTGTTCTTACCGACAGCTCg > 2:142314/1‑238 (MQ=255) tggtAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATAc < 1:1341205/210‑1 (MQ=255) gtAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTAtttt < 1:914092/98‑1 (MQ=255) ggcggTGCCGCTGATGGCTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCa < 1:1226451/238‑1 (MQ=255) 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2:366932/56‑1 (MQ=255) ccTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCg < 1:950036/84‑1 (MQ=255) ttCCGGCAAGGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCg < 2:488161/239‑1 (MQ=255) cGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGT‑GGCCT‑GGGGTTGC‑GGGTTTTTTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGGAACGTCCATCTGGGCTGATATCAt > 1:823415/1‑104 (MQ=255) cGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TTT‑GGT‑GGGAT‑GGGGTTGG‑GGGGTTATTTTCACCACGCTCTTTGGGTGCCGTAAAGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTa > 1:479518/1‑122 (MQ=255) aTGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGGAT‑GGGGTTGC‑GGGGTTTTTTTTACCACGCTCTTTGGCGGCCGTAAAGTCAAt > 2:950036/1‑84 (MQ=255) | TGGGCGTTGGTGAACCGCTGATTTACGGTGTCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCG > NC_000913/2547799‑2548235 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |