| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_bme_pgi | 569,862 | G→A | 5.8% | V321I (GTA→ATA) | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_bme_pgi | 569,862 | 0 | G | A | 5.8% | 176.1 / 2.9 | 71 | V321I (GTA→ATA) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/29); new base A (2/2); total (38/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
GATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAAC > NC_000913_3_bme_pgi/569721‑570008 | gatgatTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTgg > 2:548895/1‑149 (MQ=255) atgatTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAACAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGa > 1:796866/1‑149 (MQ=255) tgatTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGCAAATAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGaa > 1:663010/1‑149 (MQ=255) tgagTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATACTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGaa < 2:791107/149‑1 (MQ=255) gTTTTACGCTGTACAAGAAATTCGTTTGGCACCTTTTTGTAATAACAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGc < 1:672151/149‑1 (MQ=255) ttttACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCa < 1:529308/149‑1 (MQ=255) aCGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGc > 1:256064/1‑149 (MQ=255) cGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCATATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTATGGTAATACCATGATTGCTCATTCGGTATCTGGAGGA‑TTGCATGACt > 2:465200/1‑149 (MQ=255) 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aTTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTcc < 2:543301/149‑1 (MQ=255) tgtGGTACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATga < 1:610337/147‑1 (MQ=255) gTTGGCAAGTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATga < 1:163942/149‑1 (MQ=255) gCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGAGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGagaag > 1:40673/1‑149 (MQ=255) cACTTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGagaaga < 1:424408/149‑1 (MQ=255) 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tATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCAACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCTTGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGAt > 2:791094/1‑149 (MQ=255) ttAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATAACATCGAtgt > 1:855422/1‑149 (MQ=255) ttAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑CTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGAtgt > 1:893431/1‑149 (MQ=255) cAATAGTATCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACa < 2:350363/149‑1 (MQ=255) cAATAGTAGCAAGAATCCTATTCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTAAGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCGTGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGCGAAGATTACATCGATGTGACa > 2:386250/1‑149 (MQ=255) cAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACa > 1:531600/1‑149 (MQ=255) cAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACa > 1:779545/1‑149 (MQ=255) tagtagCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGtt > 1:228117/1‑115 (MQ=255) tagtagCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGtt < 2:228117/115‑1 (MQ=255) tagCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGAACGGCCAt > 2:768099/1‑149 (MQ=255) gCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCa > 1:552775/1‑149 (MQ=255) 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ataaATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGAAATCAATAAAAAGAGATTTGGt > 1:553737/1‑149 (MQ=255) taaATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGtt > 1:673736/1‑149 (MQ=255) taaATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTAACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGtt > 1:873679/1‑149 (MQ=255) cTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATta > 1:687411/1‑149 (MQ=255) aCTGCGAACAGTTATGAAGTGGTAGGCTTGCGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATGTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCTATGAGAAGATTACATAGATGTGACAGGCTATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATtata < 2:269242/149‑1 (MQ=255) aataGTTATGAAGTGGTAGTATTGATGTAATACCATGATTGTTTATGCGGTATCTTGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCTATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGTCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCa < 2:296734/146‑1 (MQ=255) aCAGTTATGAAGTGTGAGGGTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCAt < 2:590559/149‑1 (MQ=255) ttATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGACCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAAt > 1:453442/1‑149 (MQ=255) taaggAAGTGTGAGTGTTGGGGTAATACCATGATTGTTGATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCAAACAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAAt < 2:332067/145‑1 (MQ=255) tGAAGTGTGAGTCTTGTGGTAATATCATGATTTTTCATGTGGTATATGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGaa < 1:136252/149‑1 (MQ=255) 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gATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAAc < 1:58169/149‑1 (MQ=255) gATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGAATATAATATCATTAATGAATTGCTATTTAACAGTAGCAAAATTCAAc > 1:837289/1‑149 (MQ=255) tgtgtCATGGGCTATGTGGAATG‑TTCGATGGCTAGTATGTTTGCGCGATGAGAAGATTAGTTGGATGTGACAGGCCATCCATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATGCAACCa < 2:167493/145‑1 (MQ=255) gTTCTTGCGGTATTTGGATGT‑TTGCTTGGCTTTTTTGTTTGTCGGGTGAGAGGGTTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGt < 1:116884/149‑1 (MQ=255) cGGTATCTGGAAGT‑TTGCATTGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAAc < 1:314900/149‑1 (MQ=255) cGGTATCTGGAAGT‑TTGAATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCTATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAAc < 1:233376/149‑1 (MQ=255) | GATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGT‑TTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAAC > NC_000913_3_bme_pgi/569721‑570008 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |