| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_KO_pgi | = 2643100 | 126 (0.830) | 17 (0.120) | 16/246 | 14.3 | 13.1% | intergenic (‑256/+29) | rodZ/rlmN | MreB assembly cytoskeletal protein/dual specificity 23S rRNA m(2)A2503, tRNA m(2)A37 methyltransferase, SAM‑dependent |
| ? | NC_000913_3_KO_pgi | = 2643110 | 112 (0.820) | intergenic (‑266/+19) | rodZ/rlmN | MreB assembly cytoskeletal protein/dual specificity 23S rRNA m(2)A2503, tRNA m(2)A37 methyltransferase, SAM‑dependent | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TGTGTGCTCGTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGTCGATGGCTTCACCCTGCATCCGTTTACGCAGGGTACGTTTCGTACGGTCGATAACATCGCCCGCCAACTGACCACAGGCAGCATCGATATCATCACCACGAGT > NC_000913_3_KO_pgi/2642954‑2643248 | tgtgtgCTCGTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACa > 2:448955/1‑150 (MQ=255) gCTCGTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAg < 2:517706/150‑1 (MQ=255) tCGTGACAAAGCCCACCTTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTa > 3:828044/1‑150 (MQ=255) tCGTGACAAAGCCCACCTTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTa > 3:827971/1‑150 (MQ=255) gTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTAAc > 1:715859/1‑150 (MQ=255) gTGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTAAc > 1:264372/1‑150 (MQ=255) tGACAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTAAcc > 1:404560/1‑150 (MQ=255) cAAAGCCCACATTCACTAAGGCTAACTTACTGTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACGTTACGCCACGG‑TACATAAAGTAACCGTg < 1:1664194/150‑1 (MQ=255) 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cTGTTGCATCGTGACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACGTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGt < 2:473179/150‑1 (MQ=255) gTTGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACCATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGTCg > 1:984207/1‑150 (MQ=255) tGCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGTCGAt < 4:339251/150‑1 (MQ=255) gCATCGTTACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGTCGATg > 1:530285/1‑150 (MQ=255) tACATACTGCCTTAAAGTCAGCAAAAACGCACCGTTAATATTGACCAGACAATTGCAACTTAATACTTCATTCATAAAACATTACGCCACGG‑TACATAAAGTAACCGTGGCGTAATGGCTATCAGACCGCTTTAATGTCGATGGCTTCAc < 2:439572/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |