| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 4,399,691 | C→A | N48K (AAC→AAA) | hfq → | global sRNA chaperone; HF‑I, host factor for RNA phage Q beta replication |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_pgi | 4,399,691 | 0 | C | A | 98.9% | 290.3 / ‑4.5 | 88 | N48K (AAC→AAA) | hfq | global sRNA chaperone; HF‑I, host factor for RNA phage Q beta replication |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base A (33/53); minor base G (1/0); total (35/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
GAGAATGGCTAAGGGGCAATCTTTACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAACACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGAATACTTCCGCGCAACAGGA > NC_000913_3_pae_pgi/4399544‑4399837 | gagaATGGCTAAGGGGCAATCTTTACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGCTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAaaac < 1:667490/150‑1 (MQ=255) agaATGGCTAAGGGGCAATCTTTACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACg < 2:424274/150‑1 (MQ=255) agaATGGCTAAGGGGCAATCTTTACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACg > 1:881853/1‑150 (MQ=255) gCTAAGGGGCAATCTTTACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGc > 4:358413/1‑150 (MQ=255) cTAAGGGGCAATCTTTACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCACGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGcc < 3:591812/150‑1 (MQ=255) gCAATCTTTACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGt > 2:355427/1‑150 (MQ=255) aTCTTTACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTa > 4:322264/1‑150 (MQ=255) tACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGc < 3:533083/150‑1 (MQ=255) cAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCAc > 1:139117/1‑150 (MQ=255) cAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCAc < 1:269347/150‑1 (MQ=255) aaGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCAcg < 3:625447/150‑1 (MQ=255) aGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCAcgc < 1:886506/150‑1 (MQ=255) aGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCAcgc > 1:56557/1‑150 (MQ=255) aTCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGa < 3:107456/150‑1 (MQ=255) gTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTc > 4:9739/1‑150 (MQ=255) ttCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCt > 1:735420/1‑150 (MQ=255) tCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTa < 2:684618/150‑1 (MQ=255) cTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAaaac < 3:628110/113‑1 (MQ=255) atGAACGCACTGCGTAGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGTGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCTGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACt < 1:34280/149‑1 (MQ=255) cGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACtgttgt < 1:465217/150‑1 (MQ=255) tGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGt < 4:416090/150‑1 (MQ=255) tGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGt > 2:32578/1‑150 (MQ=255) gCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGtc > 4:33512/1‑150 (MQ=255) gCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCGTTTGATCAGTTCGTGAACCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGtc < 4:29986/150‑1 (MQ=255) cGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGc < 1:355427/150‑1 (MQ=255) cGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGtt > 2:659579/1‑150 (MQ=255) cGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCACGGtt < 4:588335/150‑1 (MQ=255) gtgtTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGttt < 1:504017/150‑1 (MQ=255) tgtTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCATTAGTTCAGTTCGTATTCTTTTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTtc < 3:248059/150‑1 (MQ=255) gtTTCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTtct < 4:716794/150‑1 (MQ=255) ttCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTtctc > 2:889503/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTtct > 4:450648/1‑147 (MQ=255) ccAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTtct < 3:450648/147‑1 (MQ=255) ccAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCtcat < 1:659579/150‑1 (MQ=255) cAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCtcatc > 3:144599/1‑150 (MQ=255) tttCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATcaca < 3:358413/150‑1 (MQ=255) tttCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATcaca < 2:56557/150‑1 (MQ=255) tttCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATcaca < 1:889503/150‑1 (MQ=255) ttCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAg < 3:24820/150‑1 (MQ=255) tatttattTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTaa > 4:237490/1‑150 (MQ=255) tatttattTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTaa < 1:691643/150‑1 (MQ=255) tatttattTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGGTTTTGTATCAGTTCGTTAGCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTaa < 1:167626/150‑1 (MQ=255) tatttGTTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGCTCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTaacaac < 4:186572/150‑1 (MQ=255) atttGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACg < 3:322264/150‑1 (MQ=255) atttGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACg > 4:369138/1‑150 (MQ=255) atttGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGGTTCTCATCACAGTAACAACg > 4:30672/1‑150 (MQ=255) gTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGCTGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGt < 3:469101/125‑1 (MQ=255) gTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGt > 4:469101/1‑125 (MQ=255) gTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGt < 2:641793/150‑1 (MQ=255) aaTGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGc < 1:101049/150‑1 (MQ=255) aTGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑CAAAAAACGGTACGCCAGGTCGTTTACACGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCg < 3:359313/150‑1 (MQ=255) aTGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCg < 3:669536/150‑1 (MQ=255) aTGGGATTAAGCGGCAAGGGCAAATCGAGGCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCg < 4:511769/150‑1 (MQ=255) tGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGGGTCTTTTGCTCAGTTCGTGATGCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCgg < 4:238835/150‑1 (MQ=255) tGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCtcatca < 2:953460/129‑1 (MQ=255) tGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCtcatca > 1:953460/1‑129 (MQ=255) tGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCgg > 3:124622/1‑150 (MQ=255) tGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCgg > 2:230981/1‑150 (MQ=255) ggTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGt < 1:480487/150‑1 (MQ=255) tAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACcag < 3:237490/150‑1 (MQ=255) tAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACcag > 3:378698/1‑150 (MQ=255) aGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACcagca < 1:143659/150‑1 (MQ=255) gCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTgg < 1:95174/138‑1 (MQ=255) gCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTgg > 2:95174/1‑138 (MQ=255) gCTGCAAGCGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACcagcag < 2:562256/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGt > 3:25205/1‑150 (MQ=255) tGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAGACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTa > 3:542569/1‑150 (MQ=255) ggCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTAcc > 3:492213/1‑150 (MQ=255) ggCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTAcc < 3:656866/150‑1 (MQ=255) cAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACcat > 1:822160/1‑150 (MQ=255) cAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACcat < 2:735420/150‑1 (MQ=255) cGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTGAAAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATg < 4:397815/150‑1 (MQ=255) gAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGt > 2:917127/1‑150 (MQ=255) cTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTagca < 4:568375/150‑1 (MQ=255) gATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAgcgcg < 4:430613/150‑1 (MQ=255) aTCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAgcgcgc < 4:144599/150‑1 (MQ=255) aTCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAgcgcgc > 3:341627/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCa < 2:255586/150‑1 (MQ=255) gTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACcagca < 1:507679/119‑1 (MQ=255) gTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACcagca > 2:507679/1‑119 (MQ=255) gTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGaa > 4:542130/1‑150 (MQ=255) gATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGAATACtt > 2:820281/1‑149 (MQ=255) gATCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGAATACtt < 1:820281/149‑1 (MQ=255) tCCTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCACTAACTACCATAATGTTAGCAACGCTTAGGATACTTCcg < 2:41687/150‑1 (MQ=255) cTGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGAATACTTCcgcg < 2:881853/150‑1 (MQ=255) tGTTG‑AAAAACACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGAATACTTCCgcgc > 3:318092/1‑150 (MQ=255) tGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAAc > 2:531697/1‑113 (MQ=255) tGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAAc < 1:531697/113‑1 (MQ=255) tGTTG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGAATACTTCCgcgc > 2:941333/1‑150 (MQ=255) ttG‑AAAAAAACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGAATACTTCCGCGCaa < 3:477581/150‑1 (MQ=255) aaaaaaACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCtca > 2:262969/1‑71 (MQ=255) aaaaaaACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCtca < 1:262969/71‑1 (MQ=255) aaaaACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGAATACTTCCGCGCAACAGGa > 2:364440/1‑150 (MQ=255) | GAGAATGGCTAAGGGGCAATCTTTACAAGATCCGTTCCTGAACGCACTGCGTCGGGAACGTGTTCCAGTTTCTATTTATTTGGTGAATGGTATTAAGCTGCAAGGGCAAATCGAGTCTTTTGATCAGTTCGTGATCCTGTTG‑AAAAACACGGTCAGCCAGATGGTTTACAAGCACGCGATTTCTACTGTTGTCCCGTCTCGCCCGGTTTCTCATCACAGTAACAACGCCGGTGGCGGTACCAGCAGTAACTACCATCATGGTAGCAGCGCGCAGAATACTTCCGCGCAACAGGA > NC_000913_3_pae_pgi/4399544‑4399837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |