| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,077 | Δ11 bp | coding (943‑953/990 nt) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 3440076 | 1 (0.010) | 98 (1.080) | 70/278 | 0.2 | 99.0% | coding (954/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 3440088 = | 1 (0.010) | coding (942/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit | |||||
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CATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAA > NC_000913_3_pae_pgi/3439928‑3440221 | cATATTGGCGAACATAGCCTGGTGATGGCTGCTGTTTCTGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCC < 2:475854‑M1/149‑1 (MQ=255) tatTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTTTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCca < 2:407334‑M1/149‑3 (MQ=255) cGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagggac > 1:249919‑M1/1‑142 (MQ=255) aaCATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCc < 1:1145386‑M1/140‑2 (MQ=255) aaCATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCc > 2:1145386‑M1/1‑139 (MQ=255) tGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaa > 2:1285543‑M1/1‑130 (MQ=255) gggatGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagc < 2:255598‑M1/147‑22 (MQ=255) tgtctgctgttgAGGTTAAGTTGCCGACCACTCTTACGATGGCGCTTGATCTTATCCTTTTCCGTAAAGCCTTAACCTGGGATCCGGTTACGCGTGCGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCTGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagc < 2:508945‑M1/146‑26 (MQ=255) 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aCGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattt < 1:896777‑M1/140‑52 (MQ=255) aCGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattt > 2:896777‑M1/1‑89 (MQ=255) cGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaagg > 1:379203‑M1/1‑88 (MQ=255) gATGGCGCATTACCCTATCCTTCTCAGTAAACCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggt < 2:66215‑M1/149‑63 (MQ=255) gATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggt < 2:1460712‑M1/149‑63 (MQ=255) 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1:1234757‑M1/149‑108 (MQ=255) ccGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcacc < 2:1335971‑M1/149‑109 (MQ=255) tCGTCAGCGAT‑TCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagt < 2:475874‑M1/149‑117 (MQ=255) tCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagt < 2:1365527‑M1/149‑117 (MQ=255) tCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagt < 2:982804‑M1/149‑117 (MQ=255) tCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCcagagacagtccacgggaagccagcacgtctttaatctcagtaagagattttttaccaaggttaggcgttttaaggagctcaacctcggtacgctgtaccagatcaccgatatagt < 1:724697‑M1/149‑117 (MQ=255) 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CATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAT‑GCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAA > NC_000913_3_pae_pgi/3439928‑3440221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |