| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_hsa_tpiA | 1,212,080 | 1 | . | C | 59.2% | 83.6 / 78.4 | 49 | intergenic (‑77/+623) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (13/7); new base C (17/12); total (30/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.70e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑‑C‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAAT > NC_000913_3_hsa_tpiA/1211932‑1212227 | atTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑a > 1:841694/1‑149 (MQ=255) cccATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑‑c‑ccc‑c > 2:717167/1‑149 (MQ=255) cATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGATTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGATTATTTT‑A‑‑c‑ctc‑cc‑c > 2:433395/1‑149 (MQ=255) atatGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTAACCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑‑c‑ccc‑cc‑c‑c > 2:1042024/1‑149 (MQ=255) aaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑‑C‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAaaata > 2:693183/1‑149 (MQ=255) aaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑‑C‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAaaata > 2:319444/1‑149 (MQ=255) ccACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATGTGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGGGTATATT‑T‑‑C‑CCCACC‑C‑CTCAAAGAAATAaatttatt > 1:323325/1‑149 (MQ=255) acaTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑‑C‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAAAATAAATTAATTaaa > 1:488865/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) ttATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑C‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAAt < 1:279653/149‑1 (MQ=255) tCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCC‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAAttt > 1:548830/1‑127 (MQ=255) tCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCC‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAAttt < 2:548830/127‑1 (MQ=255) ttATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGCGTATATT‑AC‑C‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAAAATAaattaa > 2:324299/1‑93 (MQ=255) ttATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑C‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAAAATAaattaa < 1:324299/93‑1 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑AC‑C‑CCC‑CC‑C‑CTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTaaa > 2:504288/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |