| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 1299498 | 0 (0.000) | 31 (1.080) | 29/282 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTCC > NC_000913_3_pae_tpiA/1299351‑1299644 | ttctCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAa > 2:152293‑M1/1‑148 (MQ=255) ttcaAACTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCCCCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCGAAata < 2:351883‑M1/148‑4 (MQ=255) tcAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCATTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa > 1:515953‑M1/1‑145 (MQ=255) aaaTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataata < 2:522514‑M1/149‑7 (MQ=255) aTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataat < 1:450707‑M1/149‑9 (MQ=255) agttagttAAAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCCCCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaatt < 2:135513‑M1/149‑14 (MQ=255) ttaTAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCCCCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaa < 1:34553‑M1/149‑20 (MQ=255) cTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcacta > 2:335433‑M1/1‑112 (MQ=255) cTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcacta > 1:408166‑M1/1‑112 (MQ=255) ctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattttgcatttcactacttgacaga > 2:129314‑M1/1‑103 (MQ=255) cACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta < 1:354146‑M1/149‑49 (MQ=255) catcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAATAATAATAGAAAAAGTAGCATTAATT‑TCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattctgcatttcactactggaactttaatc > 2:110685‑M1/1‑98 (MQ=255) tGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa > 2:381471‑M1/1‑93 (MQ=255) atAATCCTGGGCTTGCTGAAAAATAATTGAATTGATAATATCCATTACCAC‑GCGTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagcc < 1:249958‑M1/149‑75 (MQ=255) aaTCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccga > 1:85955‑M1/1‑73 (MQ=255) tGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttaaccaatctct > 2:356028‑M1/1‑68 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctat < 1:152293‑M1/149‑84 (MQ=255) tagctGAAGAATAATTGAAATGATATGATTAATT‑TCACTGTGTTTTGTAGAGGAAAGTGCTACataataatcaattgtgaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttg < 2:463623‑M1/147‑87 (MQ=255) gaagaaTAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttaactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatccctatttgattga > 2:208280‑M1/1‑58 (MQ=255) taatTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgcttgaattgaa > 1:77160‑M1/1‑52 (MQ=255) taatTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaa < 1:175653‑M1/149‑98 (MQ=255) atTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGTTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgatttgaaag > 1:430143‑M1/1‑50 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatg < 1:265019‑M1/149‑103 (MQ=255) aaTGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtt < 2:388529‑M1/149‑105 (MQ=255) aaTT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataaaatatcgtacagttagtgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatg < 1:381471‑M1/149‑117 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgca > 1:38263‑M1/1‑27 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgca > 2:375790‑M1/1‑27 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaa < 2:408166‑M1/149‑124 (MQ=255) ttGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctata > 2:126967‑M1/1‑20 (MQ=255) ggTAGAGGAAAGTGCTAAataaaaatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctataga < 1:75306‑M1/149‑132 (MQ=255) tGCTAAataataaacaattgttaaatcattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgacttgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacagt < 2:507787‑M1/149‑144 (MQ=255) tAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaa < 1:263932‑M1/149‑147 (MQ=255) | TTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT‑CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTCC > NC_000913_3_pae_tpiA/1299351‑1299644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |