| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 372,055 | C→A | 6.8% | H273N (CAT→AAT) | mhpC → | 2‑hydroxy‑6‑ketonona‑2,4‑dienedioic acid hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 372,055 | 0 | C | A | 6.8% | 152.6 / 3.7 | 60 | H273N (CAT→AAT) | mhpC | 2‑hydroxy‑6‑ketonona‑2,4‑dienedioic acid hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/26); new base A (2/2); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-02 | |||||||||||
CTGGCGGAAATCAAAGCGCAAACCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGA > NC_000913_3_pae_tpiA/371908‑372197 | cTGGCGGAAATCAAAGCGCAAACCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCNA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACa > 1:348579/1‑149 (MQ=255)cTGGCGGAAATCAAAGCGCAAACCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACa < 1:435014/149‑1 (MQ=255) gCGGAAATCAAAGCGCAAACCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCTGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGc < 1:244799/149‑1 (MQ=255) ggAAATCAAAGCGCAAACCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCg > 2:619233/1‑149 (MQ=255) ggAAATCAAAGCGCAAACCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATAACTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCg > 1:28557/1‑149 (MQ=255) cAAAGCGCAAACCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCAGGCGCtt > 1:245379/1‑149 (MQ=255) aaaGCGCAAACCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCttt > 1:147547/1‑149 (MQ=255) aaaCCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGACGACGCTTtcaatcaa > 2:914332/1‑149 (MQ=255) cccTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTg > 2:96330/1‑149 (MQ=255) ccTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTgg > 2:763589/1‑149 (MQ=255) catcgTCTGGGGGCGCGATGCACGCCTTGTGCAGAGGGATGCTGGTCTGAGTCTTTCATCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATAACTGCCAAGA‑CTATGGTCACTGAGCGAAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTga < 2:124872/145‑2 (MQ=255) gggCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCt < 1:97221/149‑1 (MQ=255) gggCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCt < 1:344955/149‑1 (MQ=255) 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tctgcgtctgcTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATa > 2:741858/1‑149 (MQ=255) tgctgTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTATTGAg > 2:641211/1‑149 (MQ=255) ggCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCGTGAAGACACATAATCTTGAGCAACTggc > 1:820489/1‑149 (MQ=255) gCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGTGATCATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCCCGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTggcg < 2:461409/149‑1 (MQ=255) ttGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGgcggcg > 2:717483/1‑149 (MQ=255) cGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAAAATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGt > 1:787764/1‑111 (MQ=255) cGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAAAATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGt > 1:329419/1‑111 (MQ=255) cGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAAAATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGt < 2:329419/111‑1 (MQ=255) cGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAAAATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGt < 2:787764/111‑1 (MQ=255) ttCTGAACTGCATATCTTGCGAGAGCAGTTG‑CACTGGGGGGTGTAGGACGCCTCCGACGCTTTCAATCAACTGGCGTTGAAGTGCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTAc < 1:914332/149‑1 (MQ=255) ttCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCCAGACCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTAc > 1:368302/1‑149 (MQ=255) gaacctcATTTCTTCCGCGA‑CTTTGTTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGTCGAGGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATCCTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTAcgccg < 1:246557/143‑1 (MQ=255) gAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAGGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTAagccg > 1:399479/1‑149 (MQ=255) aaCTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTAcgccgc > 2:170300/1‑149 (MQ=255) aaCTGCATATCTGCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGTACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGGGCAACTGGCGGCGGATTTAcgccgc < 1:74229/149‑1 (MQ=255) cTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTAcgccgcgc < 2:861998/149‑1 (MQ=255) gCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGAGGCTTTGAATACACTGGTGCTGAATTTCCTCGCAAGCCCTTAAGGAAGGGTCATGACGAAGCATACTCTTTAGCAACTGGCGGCGGATTTAcgccgcgccg > 1:135156/1‑149 (MQ=255) 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gcgA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGc > 1:878732/1‑149 (MQ=255) gA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGCTTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGa > 1:847937/1‑149 (MQ=255) a‑CTGTCGTCACTGGGCGCAGTGGTAACAGGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGaa < 1:343557/149‑1 (MQ=255) cTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTTATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAg < 2:231644/149‑1 (MQ=255) tgGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGa > 1:101301/1‑149 (MQ=255) gTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTACTCGCACGCACTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGGGCAACTGACGGCGGATTTACGACGCGCCGCAGACACGCGCCAAGCGAtt > 2:233672/1‑149 (MQ=255) tCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTg > 1:518844/1‑149 (MQ=255) aCTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCa > 1:376500/1‑149 (MQ=255) aGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTgcgc < 2:28557/149‑1 (MQ=255) tGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGa > 2:374452/1‑149 (MQ=255) | CTGGCGGAAATCAAAGCGCAAACCCTGATTGTCTGGGGGCGCAACGACCGCTTTGTGCCGATGGATGCGGGTCTGCGTCTGCTGTCCGGCATTGCCGGTTCTGAACTGCATATCTTCCGCGA‑CTGTGGTCACTGGGCGCAGTGGGAACATGCCGACGCTTTCAATCAACTGGTGCTGAATTTCCTCGCACGCCCTTAAGGAATGGTCATGACGAAGCATACTCTTGAGCAACTGGCGGCGGATTTACGCCGCGCCGCAGAGCAGGGCGAAGCGATTGCACCGCTGCGCGA > NC_000913_3_pae_tpiA/371908‑372197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |