| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 2,481,904 | (A)8→7 | coding (273/1539 nt) | emrY ← | putative multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 2,481,897 | 0 | A | . | 96.9% | 292.5 / 3.7 | 66 | coding (280/1539 nt) | emrY | putative multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base . (33/30); total (34/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATGCTCCCAGAAAGCCA > NC_000913_3_pae_tpiA/2481753‑2482042 | aTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaa < 1:450255/150‑1 (MQ=255) tGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGACCGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaaa < 1:600092/150‑1 (MQ=255) ttCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAAAAACTATAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaaagt < 2:268075/150‑3 (MQ=255) ttttCTGACGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATAACAGCACATCAAAATTCGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAG‑GGAAAAAAAGTGACTg > 2:970492/1‑150 (MQ=255) tCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGACTTACCGCCCCAGCCCTTAACCCATGACTGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGaaa < 3:269939/150‑1 (MQ=255) tCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGaaa < 1:261737/150‑1 (MQ=255) tCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCAAAAAAAGTGAAAAAAACGGCCCCGACATTAACCCATGAACGACTCTAAAAAACATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATAAA‑AAAAAAAAAAAAAAGTGACTGaaa < 2:216214/150‑1 (MQ=255) gCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTaa > 3:236727/1‑150 (MQ=255) 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cccTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATgg > 2:579220/1‑150 (MQ=255) ccTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGc < 4:387650/150‑1 (MQ=255) cGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGc < 4:236727/150‑1 (MQ=255) tAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGc > 2:756473/1‑95 (MQ=255) tAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGc < 1:756473/95‑1 (MQ=255) aaaaaaTATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCaa < 1:46385/133‑1 (MQ=255) aaaaaaTATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCaa > 2:46385/1‑133 (MQ=255) aaaaaTATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCaa > 3:355058/1‑150 (MQ=255) tCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGTCTATTCTTTGTGCCAACTTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACAACTAACGAggg > 4:579263/1‑149 (MQ=255) cAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTg < 3:167627/150‑1 (MQ=255) cAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTg < 3:167820/150‑1 (MQ=255) aTCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGAt > 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4:602272/108‑1 (MQ=255) cAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCa < 3:401445/150‑1 (MQ=255) aaGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAg < 1:853461/150‑1 (MQ=255) aGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAgg > 4:35587/1‑150 (MQ=255) gATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGt > 1:812565/1‑150 (MQ=255) aTAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAAt < 3:392149/105‑1 (MQ=255) aTAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAAt > 4:392149/1‑105 (MQ=255) 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NC_000913_3_pae_tpiA/2481753‑2482042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |