| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 484,801 | A→G | intergenic (‑110/+61) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 484,801 | 0 | A | G | 98.0% | 6179.0 / NA | 1746 | intergenic (‑110/+61) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/2); major base G (815/883); minor base T (24/10); total (849/897) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.38e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1922 total aligned reads displayed.
AAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCTTCTTCT > CP016816/484674‑484925 | aTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCaa > 1:3653338/1‑128 (MQ=255) tAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAAt > 1:2997137/1‑128 (MQ=255) gTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTa < 1:1199245/128‑1 (MQ=255) gTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTa > 1:472034/1‑128 (MQ=255) gaaaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTaaa < 2:599751/127‑1 (MQ=255) aaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAaca > 2:2461155/1‑128 (MQ=255) aaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTCACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAaca > 2:415217/1‑128 (MQ=255) aCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGACGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAacaca > 2:1985761/1‑128 (MQ=255) aCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAacaca > 2:3360036/1‑128 (MQ=255) aCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGAACAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAacaca < 1:762949/128‑1 (MQ=255) cTCATAGAATTAATCCATTTTTAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCTGAAGCTCTTAACAACTAAACTACAATCGATTATTTAATTAAATTATTATATAAA‑ATAAAAAGAAAATAAaaacaa > 1:2790008/1‑127 (MQ=255) tCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑TTAAAAAGCAATTAAAcacaca > 2:929253/1‑128 (MQ=255) gATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACCCACAAAAAc > 2:3042255/1‑128 (MQ=255) gATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAAc < 1:20671/128‑1 (MQ=255) aTTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACt > 1:1120642/1‑128 (MQ=255) tttAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTc > 1:3147537/1‑128 (MQ=255) tttAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTc < 1:1459058/128‑1 (MQ=255) tttAATACTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTc < 2:2941882/128‑1 (MQ=255) attAATACTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGATCATAGCAGAAGCTATTAACAAATAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTc < 2:3672884/127‑1 (MQ=255) ttAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCa < 2:662935/128‑1 (MQ=255) aTCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAccc > 1:2401402/1‑128 (MQ=255) cTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCAtt > 1:170311/1‑128 (MQ=255) ttttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACaa > 1:17717/1‑115 (MQ=255) ttttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTa < 2:2391856/128‑1 (MQ=255) ttttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTa < 2:3401188/128‑1 (MQ=255) ttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATg > 1:2131152/1‑128 (MQ=255) tataGTTGACAAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATgg < 2:2125399/128‑1 (MQ=255) ataGTTGACCAAAAAATAAGATAGATCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTAGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATTGt > 1:1834760/1‑128 (MQ=255) taGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTg > 1:3706141/1‑128 (MQ=255) aGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAACCATTATTGTGa > 2:3464320/1‑128 (MQ=255) aGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAAAACACAAAAACTCACCCATTATGGTGa < 1:2318843/128‑1 (MQ=255) aGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGAAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTAATTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGa < 1:838570/128‑1 (MQ=255) tGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCTGAAGCTCTTAACAACTATACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAATCTAACCAATTaagcttattt > 1:3531037/1‑119 (MQ=255) ccAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACATCTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaa < 1:1064912/128‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACaaaa < 2:2689786/102‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaa > 1:358418/1‑128 (MQ=255) aaaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaa < 1:2264712/128‑1 (MQ=255) aaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAat < 1:2858192/128‑1 (MQ=255) aaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAatt < 2:2175860/128‑1 (MQ=255) aaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATTGTGAGTTTAAAAatt > 1:1908157/1‑128 (MQ=255) aaGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATAATTc > 1:100120/1‑128 (MQ=255) aGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTATAAATTATTCa > 2:532500/1‑128 (MQ=255) aGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCa > 1:407157/1‑128 (MQ=255) aGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCa > 1:2455397/1‑128 (MQ=255) aGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCa < 2:2767208/128‑1 (MQ=255) aTAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAATCAATAAAACACACAAAAACTCACACATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaaa > 1:3415574/1‑128 (MQ=255) agagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaaaaa > 2:1123147/1‑128 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAt < 2:3198871/128‑1 (MQ=255) gaaTAGCAGAAGCTGTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGAAATTAAACACACAAAAACTCAACAATAATGTAGAGTTTAAAAATTATTAAAAAAttt > 2:828982/3‑128 (MQ=255) tAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGac < 2:1044307/128‑2 (MQ=255) tctTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAAt > 2:3824683/1‑128 (MQ=255) tAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCaa < 1:3310200/128‑1 (MQ=255) aactaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTTATTATTATaaaaaaataga > 2:150577/1‑120 (MQ=255) aactaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGa < 1:3470690/128‑1 (MQ=255) actaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGaa > 1:3368623/1‑128 (MQ=255) aactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGAAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTc < 2:3275870/128‑1 (MQ=255) actaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGAAATTAAAAACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTcc < 1:1994795/128‑1 (MQ=255) taCACTCGATTATATAATTATATATATTTATAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAAATGAAGCTCCAg > 2:1743481/1‑128 (MQ=255) taCAATCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAGTTGAAGCtgga < 2:3120260/127‑4 (MQ=255) attattTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACAGAAAAACTCAACCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACt < 2:3530653/128‑1 (MQ=255) attattTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACt > 2:1663857/1‑128 (MQ=255) attattTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACt < 1:2583661/128‑1 (MQ=255) ttattTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTa > 2:1184724/1‑128 (MQ=255) tattTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTaa < 1:97885/128‑1 (MQ=255) attTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAt > 1:3221291/1‑128 (MQ=255) tttAATTAAATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCATTTAAACACACAAAAACTCACCAATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAtt < 2:2312682/128‑1 (MQ=255) ttAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAttt < 1:3810390/128‑1 (MQ=255) ttAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACACATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAttt < 1:1548162/128‑1 (MQ=255) ttattattTTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATTGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTTATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTa < 2:2550962/126‑1 (MQ=255) tAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCTATTAAACTCACTAAAACTCTCCCATTAAGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTa < 2:3738149/128‑1 (MQ=255) aaTTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAg < 1:1633171/128‑1 (MQ=255) aaTTATATTTTTTATTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAg < 1:1364322/128‑1 (MQ=255) aTTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGc < 1:2681211/128‑1 (MQ=255) aTTATATTTTTATTTAAT‑ATAAAAAGAAATAAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATTAGTTGAAGCTGGAGCTTCAATTGATTTaaa < 2:2891512/128‑3 (MQ=25) ttATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCt > 2:1578940/1‑128 (MQ=255) ttATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATATTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCTACTATATTAGCt > 1:293574/1‑128 (MQ=255) atatTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAATTCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCttt < 2:715992/128‑1 (MQ=255) atatTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCttt > 2:391311/1‑128 (MQ=255) tttttttttaAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGAATATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATATAGCTTTCAt > 2:203243/1‑128 (MQ=255) tttttttaAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCAttt < 2:2818976/128‑1 (MQ=255) ttttttaAT‑ATAAAAAGAAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATTAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttc < 2:1261528/128‑1 (MQ=255) ttttttaAA‑ATAAAAAGAAATTAAACACACAAAAACTCACGCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCATTTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttc < 2:1834760/128‑1 (MQ=255) tttttataatataaaaatCAATTAAACAGAGATAAACTCTGAGATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCAttt < 2:2614716/116‑1 (MQ=255) atttttaAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttc < 2:778154/127‑1 (MQ=255) tttttaAT‑ATAAAAATCAATTAAACAAACAAAAACTCAACCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTACAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttct < 1:3044396/128‑1 (MQ=255) tttttaAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttct < 1:916209/128‑1 (MQ=255) ttattaataaaaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCAAAATGTTGAGTTTAAAAATAATTCAAAAATTTGATTATATTAAAACAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCAtttat > 2:3603040/9‑126 (MQ=255) ttttaatataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttctt < 1:2517048/119‑1 (MQ=255) tttaatataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCAATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttcttc < 1:3898756/120‑1 (MQ=255) ttaatataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAATAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCa > 1:2739877/8‑128 (MQ=255) ttaatataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCa < 2:1427791/121‑1 (MQ=255) taatataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAg < 2:1903120/122‑1 (MQ=255) taatataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAg < 1:632303/122‑1 (MQ=255) aatataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGc < 2:1354454/123‑1 (MQ=255) aatataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGc < 1:2196525/123‑1 (MQ=255) ataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGcttc < 1:700052/126‑1 (MQ=255) aaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCttcttc < 1:544857/128‑1 (MQ=255) aaagCAATTACACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCTtcttct < 2:2248186/128‑1 (MQ=255) aaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCTtcttct < 1:1277418/128‑1 (MQ=255) aaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCTtcttct < 2:3002338/128‑1 (MQ=255) | AAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCTTCTTCT > CP016816/484674‑484925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |