| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 484,795 | A→T | intergenic (‑104/+67) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 484,795 | 0 | A | T | 99.3% | 4922.0 / NA | 1621 | intergenic (‑104/+67) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/2); new base T (775/835); total (784/837) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1666 total aligned reads displayed.
AAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCT > CP016816/484672‑484919 | aaaaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaa > 2:3155897/1‑128 (MQ=255) aaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaaag > 2:2892507/1‑127 (MQ=255) aaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaaagc > 2:181352/1‑126 (MQ=255) tAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAAt > 1:1440400/1‑128 (MQ=255) tAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTAAATATTTTTTTAat‑ataaaaagaaat > 2:2423064/1‑123 (MQ=255) aGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAAtt < 1:1124156/128‑1 (MQ=255) aGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAAtt < 1:2785963/128‑1 (MQ=255) cAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTaaa < 1:1284166/128‑1 (MQ=255) cAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTCACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTaaa < 1:442566/128‑1 (MQ=255) aaaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAAATAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAac > 2:2088617/1‑128 (MQ=255) aaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAaca > 1:1735114/1‑128 (MQ=255) gATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGATCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTATACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAAc < 1:2374546/128‑1 (MQ=255) gATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAAc < 2:1209968/128‑1 (MQ=255) aTTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACt < 1:2591146/128‑1 (MQ=255) ccTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAccata < 1:353465/128‑4 (MQ=255) ccTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCAt < 2:2747425/128‑1 (MQ=255) ccTTTTATAGAAGACCAAAAAATAAGATAGATCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAccata < 2:1326444/128‑4 (MQ=255) tttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAt > 2:2801580/1‑128 (MQ=255) tttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAt > 2:10734/1‑128 (MQ=255) tttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAACAATTAt > 2:1401551/1‑128 (MQ=255) tttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATAATATTTATTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACACAatat > 2:1465198/1‑128 (MQ=255) tttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCAAAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTa < 1:2997893/128‑1 (MQ=255) ttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATg > 2:707339/1‑128 (MQ=255) ttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTAAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACACATTATg > 2:667170/1‑128 (MQ=255) tataGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGAATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAAATACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAAAACACAAAAACTCACCCATTATgc > 1:2841675/1‑127 (MQ=255) taGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAATCAATTAAACACACAAAAACTCACACATTAttttg > 2:512682/1‑124 (MQ=255) taGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTg > 2:3285591/1‑128 (MQ=255) aGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGa < 1:1890645/128‑1 (MQ=255) aGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGa > 2:1274824/1‑128 (MQ=255) gTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTaaa < 1:400075/100‑1 (MQ=255) tGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGt > 1:2238535/1‑128 (MQ=255) gACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGttt > 1:507541/1‑128 (MQ=255) gACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGttt < 1:3056219/128‑1 (MQ=255) aaaaaaTAATATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAACCACACAAAAACTCACCCATGATGGTGAGTTTaaaa > 1:1562913/1‑128 (MQ=255) aaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGCAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaaa < 1:2150079/128‑1 (MQ=255) aaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTTAGTTTaaaaa > 2:2477705/1‑128 (MQ=255) aaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaaa < 1:1063911/128‑1 (MQ=255) aaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaaa < 1:3174089/128‑1 (MQ=255) aaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaaa < 1:19375/128‑1 (MQ=255) tAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAattatt > 1:2307880/1‑128 (MQ=255) tAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAattatt > 2:3231176/1‑128 (MQ=255) aaGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTa > 2:1368327/1‑84 (MQ=255) aGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCa > 1:1013188/1‑128 (MQ=255) taTAGATCATAGCAGAAGCTCTTAAAAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaa < 2:790321/127‑1 (MQ=255) gATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaa > 2:368964/1‑128 (MQ=255) gATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaa < 1:1518663/128‑1 (MQ=255) gATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATA‑TTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaaa < 1:1841097/128‑1 (MQ=255) tAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAatt < 2:473855/120‑1 (MQ=255) agagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaaaaa < 1:3126386/128‑1 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAATAATTATTCAAAAAt > 2:2142965/1‑128 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAt > 2:1971827/1‑128 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAt > 2:3074959/1‑128 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTAAACTCGATTATTTAATTATATTTTTATTTAAA‑ATAAAAAGAAATTTAAAACACAAAAACTCAACCATTATTGTGAGATAAAAAAATATTAATAAAt > 1:2944037/1‑128 (MQ=255) agCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAtt > 2:93637/1‑128 (MQ=255) gCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAcc < 2:2530726/94‑1 (MQ=255) gCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAttt > 1:1196580/1‑128 (MQ=255) gCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATACAAAAAttt < 2:2568085/128‑1 (MQ=255) aTAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGa > 2:2374119/1‑128 (MQ=255) tAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGat > 1:2424568/1‑128 (MQ=255) cacaaGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGattat < 1:677501/125‑1 (MQ=255) cAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGattat > 1:2659738/1‑128 (MQ=255) aaGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATATAAAGCAATTACACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAATTTATTCAAACATTTGATTAtttt > 2:603528/1‑128 (MQ=255) aaGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTAtttt > 2:3031127/1‑128 (MQ=255) gCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTaa < 2:834209/128‑1 (MQ=255) tctTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAAt < 1:2466491/128‑1 (MQ=255) tctTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAAt < 2:223053/128‑1 (MQ=255) ttAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaa < 1:595209/107‑1 (MQ=255) tAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTTAATCaa > 1:996971/1‑128 (MQ=255) tAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAATTGATAATTTTAAATCaa > 2:1643366/1‑128 (MQ=255) acaacTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAAtt < 2:1896127/128‑1 (MQ=255) acaacTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAAtt > 2:1136223/1‑128 (MQ=255) caacTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTg > 2:2645240/1‑128 (MQ=255) aactaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGa < 2:2295812/128‑1 (MQ=255) actaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGaa < 2:2985865/128‑1 (MQ=255) actaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGaa > 1:2012447/1‑128 (MQ=255) ctaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAg > 2:1702954/1‑128 (MQ=255) taaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGc < 2:2854730/128‑1 (MQ=255) taaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTATTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGc < 2:1843581/128‑1 (MQ=255) aaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAACACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCt < 1:1343506/128‑1 (MQ=255) aaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCt < 2:2018783/128‑1 (MQ=255) actaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCtgg < 2:15802/128‑3 (MQ=255) taCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGATTTTAAAAATTAATCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAg > 1:2085282/1‑128 (MQ=255) taCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATc > 1:2712707/1‑114 (MQ=255) taCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAg < 2:880665/128‑1 (MQ=255) taCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAg < 1:1803381/128‑1 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCa < 1:1618162/114‑1 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGc < 2:1529981/128‑1 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGCTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAATTCAATTGAAGCTCCAGc > 1:788284/1‑128 (MQ=255) acacTAGATAATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGc < 1:942953/128‑1 (MQ=255) cGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAACTTCaa > 1:2523796/1‑128 (MQ=255) ttattTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTTAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTa > 1:1669792/1‑128 (MQ=255) ttAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAttt < 1:3304200/128‑1 (MQ=255) tAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTa > 1:722315/1‑128 (MQ=255) aaTTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTTATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCATCAACTAATTAAg > 1:2886001/1‑128 (MQ=255) aaTTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAg > 1:87198/1‑128 (MQ=255) aaTTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAg < 2:2698079/128‑1 (MQ=255) aTTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCATCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGc < 2:4225/128‑1 (MQ=255) atatTTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCtt > 1:324491/1‑128 (MQ=255) atatTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACACACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTAAAAAATTAGATAATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCATCAACTAATTTATCttt > 1:1399696/1‑128 (MQ=255) ttttttaAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttc < 2:1753234/128‑1 (MQ=255) | AAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCT > CP016816/484672‑484919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |