| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 76896 = | 2781 (0.840) | 110 (0.040) | 81/224 | 38.9 | 4.4% | intergenic (‑145/+40) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein |
| ? | CP016816 | = 76892 | 2342 (0.790) | intergenic (‑141/+44) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2898 total aligned reads displayed.
TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACT > CP016816/76769‑77023 | atatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑tat‑ttt > 2:5510502/1‑128 (MQ=255) tatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑tttt > 1:420159/1‑128 (MQ=255) tatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑tttttt > 1:1000171/1‑128 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttt > 2:4473589/1‑128 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttt > 2:1589533/1‑128 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttt > 1:4316811/1‑128 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑AAAA‑‑C‑tat‑ttttttt > 1:6622310/1‑128 (MQ=255) tatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑tttttttt > 2:1495464/1‑128 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTAAAATAAAAAAA‑TA‑ACAA‑‑A‑ttt‑ttttttttt > 2:3008942/1‑128 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCATTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TAATTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttatt > 2:2573811/1‑128 (MQ=255) ttAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAATGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑tttttttttt > 1:6720446/1‑128 (MQ=255) ttAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑tttttttttt > 1:62483/1‑128 (MQ=255) gttaaattAATGATGTATAATACAAATTTATAATAACTGTACAACCCAAATTACCATTTAAATTCAAATAACATTTTAT‑AAATATAAA‑TTTTTTAAATAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttttttttg < 2:3135998/122‑2 (MQ=255) ttaattattttaaataAAAATTAATAAAAACTTTAAAACCAAAATTCCCATTTAAATTAAAATAAAATTAATT‑AAATATAAA‑TTTTTTAAATAAAAATA‑TT‑TAAA‑‑A‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTGGAACt < 1:3036515/116‑1 (MQ=255) ttAAGGATGTGTAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttttttttattataa > 2:1061197/1‑121 (MQ=255) aaatgctGTATATTAAAAATTTATAATAACTGTACAAACCAAATTACCCTTTAAATTCAAATAAAAATATAT‑AAATATAAA‑TATTTTAAATAAAAAAA‑TT‑ACAA‑‑C‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTGGAACTa < 2:4824921/122‑1 (MQ=255) aaGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttttatttggaaaaaaa > 1:5024960/1‑119 (MQ=255) aGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttttttttttgtaaaaaa > 2:4732313/1‑119 (MQ=255) aGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttttttttttggaaaaaa > 2:5887089/1‑119 (MQ=255) aGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTGGAACAAAc > 1:3198566/1‑128 (MQ=255) ggATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAATATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑tttttttttttttttaaaaaaaa > 1:4062448/1‑118 (MQ=255) gATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑ttt‑ttttttttttttttaaataaaata > 2:5997168/1‑117 (MQ=255) 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TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATAT‑AAAGATAAA‑TTTTTTAAAGAAAAATA‑TT‑ACAA‑‑C‑TTT‑TTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACT > CP016816/76769‑77023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |