| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 420,271 | 0 | G | T | 31.9% | 5375.1 / inf | 3490 | intergenic (‑554/+289) | JCVSYN2_01895/JCVSYN2_01900 | 30S ribosomal protein S10/tRNA‑Thr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (638/1657); new base T (957/120); total (1713/1777) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 3533 total aligned reads displayed.
ACTTTTTTAAAAAATTTAAAATTAAAATAACTGAATTATTTTTCAAATTGTTAAATTATTTTCAAATCATTATCTATTAATCA‑A‑‑TTTTATGCTC‑G‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTACAAAAATATAATTTATTTGATTAAACGTATATTTATGTTTAATAAAAATGGAAAAGAAAGTGAATTGTCATAATAATTTAATTAAATATATAACAATGTAAGTTTTAAAACTTACTTTTTTGTTTTTATTTACTGTAAAACAAAAA > CP016816/420140‑420398 | ttttAAAAAATTTTTAATTTTATAAAATTAATTATTTTTAAAATTTTTAAATTATTTTAAAATCATTATATTTTAATAA‑A‑‑TTTTATGCTC‑G‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTACAAAAATATAATTTATTTg < 1:9220239/128‑1 (MQ=255) gatataaaaTTTTAAATTTTATTAAATTAATTTTTTTTTAAATTTTTAAATTATTTTTAAATCATTATATATTAATCA‑A‑‑TTTTATGCTC‑G‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTACAAAAATATAATTTATTTGa < 1:8950951/123‑1 (MQ=255) tAAAAAATTTTTTATTTTAATAAATTTATTATTTTTATAATTTTTTAATTTTTTTTAAATTATTAATTTTTTATAA‑A‑‑TTTTTTTCTA‑G‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTACAAAAATATAATTTATTTGAtt < 2:10227290/128‑1 (MQ=255) tAAAAAATTTTTAATTTTTATAATTGAAATATTTTTAAAATTGTTAAATTATTTTTAAAAAATTATATATTAATCA‑A‑‑TTTTATTCTC‑G‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTACAAAAATATAATTTATTTGAtt < 1:5771547/128‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |