| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP016816 | 484,791 | T→A | intergenic (‑100/+71) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP016816 | 484,791 | 0 | T | A | 97.3% | 13027.7 / 102.7 | 4419 | intergenic (‑100/+71) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/66); new base A (2014/2283); total (2069/2350) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 4597 total aligned reads displayed.
TATTATTTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCT > CP016816/484664‑484913 | tAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACC‑AAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaa > 1:8434543/1‑128 (MQ=255) aataaaTAGTAAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaa < 1:3916805/125‑1 (MQ=255) aaaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTAGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaaa < 1:2281577/128‑1 (MQ=255) aaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaaag > 2:6411631/1‑127 (MQ=255) 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TATTATTTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCT > CP016816/484664‑484913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |