| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP016816 | 484,801 | A→G | intergenic (‑110/+61) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP016816 | 484,801 | 0 | A | G | 98.1% | 4923.3 / NA | 1377 | intergenic (‑110/+61) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); major base G (634/706); minor base T (18/8); total (662/715) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1497 total aligned reads displayed.
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1:1175315/10‑128 (MQ=255) aatataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGc < 1:3154462/123‑1 (MQ=255) aatataaaaagAAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGc < 1:1681889/123‑1 (MQ=255) tataaaaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTAAAAAATTTGATTAATTTAAATCAATTGAAGCTCCAGATTCACCTAATTTAGGAATCATTTATACATctt > 1:2995580/4‑128 (MQ=255) aaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCTtcttct < 1:1004458/128‑1 (MQ=255) aaagCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTATCATTTCTTCAGcttctt < 1:2086889/126‑1 (MQ=255) | AATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCTTCTTCT > CP016816/484676‑484925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |