Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3390TG53.1% 1862.6 / inf 1969intergenic (+834/+92)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (168/720);  new base G (759/247);  total (1000/969)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 2388 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTT‑ATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGT  >  CP016816/105212‑105468
                                                                                                                               |                                                                                                                                            
ttgattaacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATTTTAATATAAATTAGATAATTATTTATTATTATTTATTATTTTATATATCCTATTAATAtaatt                                                                                                                                              >  2:1253059/9‑128 (MQ=255)
  gattaacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATAtaattaa                                                                                                                                            >  1:7629915/7‑128 (MQ=255)
   ttAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATAtaatgaat                                                                                                                                           <  1:3822909/128‑1 (MQ=255)
   ttAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGATAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTTATTATTTTATTAATAATTTTAATAtaataaat                                                                                                                                           >  1:2280959/1‑128 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                          <  2:2308261/128‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                          <  1:7503970/128‑1 (MQ=255)
     taacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                          <  1:6777615/124‑1 (MQ=255)
      aacAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATTAAATAATAAAGATTAATTTTAATATAAATTATAAAATTATTTATAATTATTTATTATTTAATTTATCATTTTAATATAAttaattta                                                                                                                                        >  2:5643612/3‑128 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                                       >  2:1951196/2‑128 (MQ=255)
        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaaattaat                                                                                                                                      >  1:6981860/1‑128 (MQ=255)
           gCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATttaattaa                                                                                                                                   <  2:1598707/128‑1 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAAGAATTTAATTaaa                                                                                                                                  <  2:3261120/128‑1 (MQ=255)
             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTATAATATAAATTATCTAATAATTTATTATTATATATTATATTATATATCAAATAAATATAATAAAATTAATTaaaa                                                                                                                                 >  1:5456196/1‑128 (MQ=255)
             cTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTaaaa                                                                                                                                 <  1:3167505/128‑1 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATAAATTTAATTAAAat                                                                                                                                >  1:876405/1‑128 (MQ=255)
                ttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAatat                                                                                                                              >  1:2445568/1‑128 (MQ=255)
                 tttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATAtt                                                                                                                             <  1:525779/128‑1 (MQ=255)
                   tATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATAttat                                                                                                                           >  2:743287/1‑126 (MQ=255)
                      ttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTt‑‑‑a‑at                                                                                                                    >  1:6297265/1‑128 (MQ=255)
                        gTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATAAAAATATTTt‑‑‑a‑at‑‑‑aa                                                                                                               >  2:5925763/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAAATATT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑a                                                                                                            >  1:1434351/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTAT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑a                                                                                                            >  1:3515906/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTCACTTATAATATTATTAAAAAATAAATATTAATTTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATGATTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑a                                                                                                            <  2:4377171/128‑1 (MQ=255)
                              tCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑aaaaa                                                                                                        >  1:7915234/1‑128 (MQ=255)
                                aCTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑aaaaaaa                                                                                                      >  2:7554161/1‑128 (MQ=255)
                                 cTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGATTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATATT‑‑‑A‑AT‑‑‑aat‑aaaaaaaa                                                                                                     >  2:6015436/1‑128 (MQ=255)
                                  ttattaTAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑aaaaaaaaa                                                                                                    >  2:7872616/1‑128 (MQ=255)
                                  ttattaTAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑aaaaaaaaa                                                                                                    >  1:2761682/1‑128 (MQ=255)
                                       ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑aaaaaaaaaa‑aaaa                                                                                              >  2:7041059/1‑128 (MQ=255)
                                        ttttATTAAAAAATAAATTTTAATTTTAATATAAATTATTTAATTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTATTTTTACTTTTAAAATAATTTATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑aaaaaaaaaa‑aaaaa                                                                                             <  1:7411995/125‑1 (MQ=255)
                                        taGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGTTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑aaaaaaaaaa‑aaaaa                                                                                             >  2:3875634/1‑128 (MQ=255)
                                          gTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATCAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑aaaaaaaaaa‑aaaaaaa                                                                                           >  1:2108918/1‑126 (MQ=255)
                                             tGAAATAATTAATATTTATTTTAATATAAATTATTTAATTATTTATTATGTATGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAAATAAAAAATTTT‑‑‑A‑A‑‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GAc                                                                                      <  1:7284962/128‑1 (MQ=255)
                                               tattaataaAGTTTATTGTTAATATAATTTTACTAATTATTTATAAAGTTTTTATATTATATTTAAAATTTTAATTTAATGAAATTAAATAAAAAATTTT‑‑‑A‑AA‑‑‑AAA‑AAATAAAAAA‑AAAAACAA‑GAcc                                                                                     <  2:4183455/125‑1 (MQ=255)
                                               taataatAAATATTAATGTTAATATAAATTAGCAAATTATTTAATATGTTTTATTATTTTAATTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AA‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GAcc                                                                                     <  2:4028713/127‑1 (MQ=255)
                                                aataatAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATTATTTATAATTTTATTTATAATTTTAATATAATTAATATAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑Aaa‑aaaaaaaaaa‑aaaaaaaaaaaaa                                                                                     >  2:204644/1‑123 (MQ=255)
                                                 ataataAATATTAATTTTAATATAAATTATTTAATTATTTATTTTTTTTTATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑T‑ATA‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCt                                                                                    <  2:6191408/128‑1 (MQ=255)
                                                  taataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATAAGTTTATTTATAATATTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTAT‑‑‑A‑AT‑‑‑aaa‑aaaaaaaaaa‑aaacaataaataata                                                                                   >  2:3477553/1‑116 (MQ=255)
                                                   aataaAGATTAATGTTAATATAAATTATATAATTATTTAATAGAATATATTATTTTATTTATCATTTTAATATAATAAATTTAATTAAAATAATAT‑‑‑A‑AT‑‑‑Aaa‑aaaaaaaaaa‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                  >  1:3971/1‑120 (MQ=255)
                                                    attaataTTAATGTTAATATAAATTATCTAATTATTTATTATTATTTATTATTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATAATTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAata                                                                                <  2:6624449/122‑1 (MQ=255)
                                                    ataaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACaaaaacaaaaa                                                                                 >  1:1731535/1‑119 (MQ=255)
                                                     taaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAATAAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AACataata                                                                                >  1:6092660/1‑128 (MQ=255)
                                                      aaaGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AAcaaaaaatt                                                                              >  1:6494480/1‑120 (MQ=255)
                                                       aataTTAATTTTAATATAAATTATTTAATTATTTATTATTATTTATTATTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAAATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTg                                                                             <  2:4532583/125‑1 (MQ=255)
                                                       aaGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑Aaa‑aaaaaaaaaa‑aaaaaaaataaaaaaaatta                                                                              >  1:2596902/1‑116 (MQ=255)
                                                           ttAATTTTTATAAAAATTTGAAAATTATTTATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTATCCTTTTAATATTATTTATTTATTTAAAAAATTTT‑‑‑T‑AA‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTGTTaa                                                                         <  1:5707843/128‑1 (MQ=255)
                                                            tAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AACCTAATATT‑TTaaaa                                                                       >  2:6314691/1‑128 (MQ=255)
                                                                  tAATATAAATTAGATAATTATTTATTTGGTTTTATTTTTTTATTTATCATTTAAATATAATTAATTAAATTAAAATTTTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTGTTAAAAACaat                                                                  <  1:3644139/128‑1 (MQ=255)
                                                                   aaTATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AAACAAAAATTTTTaaaaaaaaaa                                                                 >  1:4975832/1‑126 (MQ=255)
                                                                    aaataAATTATCTAATTATTTATTATGATTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑‑AA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTGTTAAAAACaattaa                                                               <  1:2892048/126‑1 (MQ=255)
                                                                      ataAATTATCTAATTATTTATTATGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTGTTAAAAACaagacct                                                              <  2:4756529/128‑6 (MQ=255)
                                                                       taAATTTGCTATGTTTTTATTAGGTTTGATTATTTTATTTTTACTTTAAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AA‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTGTTAAAAACaattaatt                                                             <  1:6638407/128‑1 (MQ=255)
                                                                          attttgtAACTATTTATTATGATTTATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATGAATTAAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AA‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAg                                                          <  1:7815769/122‑1 (MQ=255)
                                                                          aTTATCTAATTATTTATTATGTTTTTTTTTTTTATTTAAACTTTTAAAATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑‑AA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGt                                                         <  2:2171696/128‑1 (MQ=255)
                                                                           ttAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑AACATAATATTTTTAAAAAAaataaaaaaata                                                         >  1:7211251/1‑122 (MQ=255)
                                                                            tAGCTAAGTATTTATAAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AAAAAAAAATTTTTAAAAAAaataaaataaaaa                                                        >  2:6740290/1‑125 (MQ=255)
                                                                              gCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATAATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑AAAAAAAAATTTTTAAAAAAaaataaaaaattata                                                      >  2:5248545/1‑119 (MQ=255)
                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑AACAAAATATTTTAAAAAAAAAtaaataaattattt                                                     >  2:6123113/1‑122 (MQ=255)
                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑GACGAAAAATTTTTAAAAAAaattaataattattta                                                     >  1:7753289/1‑119 (MQ=255)
                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTATAATATAATGAATTTAATTAAAATATATT‑‑‑A‑AT‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAAAAA‑TAAAAAATATTATTAAAAAAaataaaaaaaataatt                                                     >  1:3331581/1‑118 (MQ=255)
                                                                                  attattttttATGTTTTATTATTTTTTTTATTATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTT‑‑‑A‑AA‑‑‑AAA‑AAAAAAAAAA‑AAAAACAA‑GACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGAtt                                                  <  1:2016709/126‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                               |                                                                                                                                            
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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑