| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 484,795 | A→T | intergenic (‑104/+67) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 484,795 | 0 | A | T | 99.0% | 6239.4 / NA | 2082 | intergenic (‑104/+67) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/5); new base T (964/1095); total (982/1100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2156 total aligned reads displayed.
TAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAAAAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCT > CP016816/484671‑484919 | aaaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAatataaaaa > 1:3609830/1‑128 (MQ=255) aaaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAatataaaaa > 2:2983410/1‑128 (MQ=255) aaaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTAATTAATTATATTTTTTTTTAataaaaaaa > 2:3074306/1‑128 (MQ=255) aaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAatataaaaagc > 2:520855/1‑126 (MQ=255) aTAGTCAAAACTCATAGATTTAATACTATTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCaa > 1:736090/1‑128 (MQ=255) tCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTaa > 1:3787514/1‑128 (MQ=255) taatcTCATATATTTAATCCTTTTATTTTTGACCAAACAATTAGATAGAGTATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAac < 1:2015489/124‑1 (MQ=255) aaaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTTACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAac > 2:3610675/1‑128 (MQ=255) aaaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGAATATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAac > 2:1448540/1‑128 (MQ=255) aaaaCTCATAGATTTAATCCTTTTAAAGTTGACCATAAAATAAGATAGAGCATTTCACAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAac < 1:3702467/128‑1 (MQ=255) aaaaCCCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAac > 1:1257622/1‑128 (MQ=255) aaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAaca > 2:1364192/1‑128 (MQ=255) aaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAacac > 1:2192154/1‑128 (MQ=255) aTAGATTTAATAATTTTATAGTTTACCAAAAAATAAGATAGAGAATATCAGAAGCTCTTAAAAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATA‑TTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACAAACaaaa < 1:3526506/128‑1 (MQ=255) tAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACaaaa < 1:1173872/128‑1 (MQ=255) tttAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACAACAAAACTc > 1:2577929/1‑128 (MQ=255) tAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAc > 2:745796/1‑128 (MQ=255) tAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATAAAACACACAAAAACTCAc > 2:2814768/1‑128 (MQ=255) tAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGAAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAATCAATTAAACACACAAAAAATCaa > 2:2142985/1‑127 (MQ=255) cTTTTATAGTTGACC‑AAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTa < 2:2629930/128‑1 (MQ=255) tataGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTc > 1:3254413/1‑117 (MQ=255) tataGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATAATATTTTTTTTTAATATAAAAACAAATTAAACACACAAAAACTcccctttggtga > 1:1376001/1‑120 (MQ=255) ataGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGt < 2:1952004/128‑1 (MQ=255) ataGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGt < 1:392483/128‑1 (MQ=255) aGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGa > 1:2981511/1‑128 (MQ=255) aGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGa > 1:1471253/1‑128 (MQ=255) tGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAcc < 1:1683344/114‑1 (MQ=255) tGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGtt < 1:1313575/128‑1 (MQ=255) ccAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATAATTTAATTATATTTTTTTATAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTaa < 2:1113228/128‑1 (MQ=255) acAAAAAATTAGATAGAGCATAGCAGAAGATCTTATCTACTTAACTACACTAGATTTTTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACACATTAT‑GGTGAGTTTaa < 1:1517962/127‑1 (MQ=255) cAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTaaa < 2:1047835/128‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACACATTAT‑GGTGAGTTTaaaa > 1:2901614/1‑128 (MQ=255) aaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTaaaaa < 2:1691689/128‑1 (MQ=255) aaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACAATCGATTTTTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACTCACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTaaaaa < 1:940128/128‑1 (MQ=255) aaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAat < 2:3294028/128‑1 (MQ=255) aaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAatt < 2:2436700/128‑1 (MQ=255) aaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAatta > 1:4106835/1‑128 (MQ=255) aaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAACAATTAT‑GGTGAGATTATAAatta > 2:252718/1‑128 (MQ=255) aTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCA‑CCATAATGGGTGAGtttttgtgtgtt < 1:1073090/128‑10 (MQ=37) aaGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTc > 1:273376/1‑128 (MQ=255) aaGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACAAAACTACACACGATTATTTAATAATATTTTATTTTAATAAAAAAAGCAAATAAACACACAAAAACTAACCCATTAT‑ATTTAGTATAAAAattataa > 2:1852377/1‑126 (MQ=255) aGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCa > 2:3995672/1‑128 (MQ=255) aGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAAGTATATTTTTTTTTAATTTAAAATGAAATTATACACACAAAAACTCACCCATGAT‑GGTGTGTTTATATattattat > 1:4008370/1‑126 (MQ=255) aTAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCAAAAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCaaa > 1:2479327/1‑128 (MQ=255) tAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCAATTAT‑AGTGATTTTAAAAAATATTCaaaa > 2:2275717/1‑128 (MQ=255) tgagCATAGCAGAAGCTCTTAACATCTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTTAGTTTAAAAATTATTCaaaaa < 1:4227342/127‑1 (MQ=255) agatCATAGAAGAAGCTCTAAAAAACTAAACTACACTCGATTATTAAATTAAATTTTTTTTTAATATAAAAATCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCaaaaa < 1:2835031/128‑1 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATTAAAAAAGCAATTAACCACCAAAAAACTCCCCAATTAT‑GGTTCTTTTAAAAATAATACAAAAAt > 1:240544/1‑128 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCATAAAt > 1:3361532/1‑128 (MQ=255) agCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAATCAATTAAACACACAAAAACTCACCAATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTAATCATAACtt > 1:1001330/1‑128 (MQ=255) agCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAtt > 1:4535683/1‑128 (MQ=255) agCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACACGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAtt < 1:2648229/128‑1 (MQ=255) cAGAAGCTCTTAACAGCTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGattat > 2:4212884/1‑128 (MQ=255) cAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATAATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGattat < 2:4320112/128‑1 (MQ=255) gAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTAttt < 2:2744935/128‑1 (MQ=255) gCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTaa < 2:1254900/128‑1 (MQ=255) tctTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAAt < 1:162661/128‑1 (MQ=255) ttAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCa < 1:3445107/128‑1 (MQ=255) acaacTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAATCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑TGTGAGTTTAAAAATTATTAAAAAATTTGATTATTTTAAATCAAtt > 2:2895331/1‑128 (MQ=255) acaacTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GTTGAGTTTAAAAATTATTCAAAACTATGATTATTTTAAATCAAtt > 2:2356357/1‑128 (MQ=255) aactaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGa < 2:1530506/128‑1 (MQ=255) actaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGaa < 2:3808720/128‑1 (MQ=255) ctaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTa > 2:638689/1‑88 (MQ=255) aactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCtg < 2:907848/128‑2 (MQ=255) actaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCAccata > 2:1777571/1‑68 (MQ=255) ctaAACTCGATTATTTAATTATATATTTTTTTAATATAAAAAGAAATTAAACACACAAAAAATAACAAATTAT‑GGAGAGATAAAAATATATTCAAAATTTTGATTATTATATATCAATTGatgatcga > 1:3130794/1‑121 (MQ=255) taCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAg < 1:1866997/128‑1 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACGCAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAACTCAATTGAAGCTCCGGc > 1:4313295/1‑128 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGACGCTCCAGc > 1:2282185/1‑128 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGc < 1:3188746/128‑1 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGc < 1:4460958/128‑1 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGc < 2:586091/128‑1 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGc > 1:4374384/1‑128 (MQ=255) cacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCt > 1:1944215/1‑128 (MQ=255) cacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCt < 1:509944/128‑1 (MQ=255) acTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAAATAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATATGATTATTATAAATCAATTGAAGCTCCAGCtt > 2:3380932/1‑128 (MQ=255) acTCGATTATATAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCtt < 2:1305559/128‑1 (MQ=255) cTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTc < 2:4150410/128‑1 (MQ=255) tCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTTATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCATCa > 2:1179900/1‑128 (MQ=255) tCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCa < 1:860226/128‑1 (MQ=255) gATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAAc > 1:2072584/1‑128 (MQ=255) gATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAAc < 2:4487776/128‑1 (MQ=255) gATTATTTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAAc > 1:4172677/1‑128 (MQ=255) attattTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACt < 2:3161655/128‑1 (MQ=255) attattTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTAAAGCTACAGCTTCAACt > 2:4411764/1‑128 (MQ=255) ttattTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTa > 2:3534600/1‑128 (MQ=255) ttattTAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTa > 1:593743/1‑128 (MQ=255) tttAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAtt > 2:4571908/1‑128 (MQ=255) ttAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAttt < 2:3714053/128‑1 (MQ=255) ttAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAttt > 1:3069465/1‑128 (MQ=255) tAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTa < 2:835948/128‑1 (MQ=255) tAATTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTa < 2:344890/128‑1 (MQ=255) aaTTATATTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAg < 2:322282/128‑1 (MQ=255) atatTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAttt > 1:1786908/1‑122 (MQ=255) atatTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCttt > 2:4072544/1‑128 (MQ=255) tatTTTTTTTTAATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTc < 2:3918602/128‑1 (MQ=255) tttttttttaATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCAt < 2:2041865/128‑1 (MQ=255) attttttttaATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCAt > 1:807669/2‑128 (MQ=255) ttttttaATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttc < 2:1608845/128‑1 (MQ=255) tttttaATATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttct < 1:65916/128‑1 (MQ=255) | TAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAAAAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTAT‑GGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCT > CP016816/484671‑484919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |