| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 87,917 | (T)15→14 | intergenic (+44/‑816) | JCVSYN2_00345 → / → JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 87,903 | 0 | T | . | 80.9% | 5317.7 / inf | 2351 | intergenic (+30/‑830) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (218/203); new base . (891/897); total (1136/1215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2768 total aligned reads displayed.
TGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAG > CP016816/87776‑88030 | gtgtAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑ta > 2:2639809/1‑127 (MQ=255) tAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGCATATTTAGAGTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑ttttt > 2:638111/1‑128 (MQ=255) actataggggTTTTTGAGTTGCAATTAAAGTTTAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAATTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑ttttttt < 2:672257/120‑1 (MQ=255) aCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑ttttttt > 2:2214209/1‑128 (MQ=255) aaaaaTTGGTTATTGAGTTGCAATTAAATTTAAAATTT‑ATAATAAAATTTATATTCATGGAAATTAAAATGAATATTTATATTTTTAATAGCTGATTTAAATGGTTTATTAAACAATCCA‑tttttttt < 1:6750241/127‑1 (MQ=255) aaaaGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑ttttttttt > 2:2867394/1‑128 (MQ=255) aaaaGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑ttttttttt > 1:299589/1‑128 (MQ=255) aaGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑ttttttttttt > 1:6069750/1‑128 (MQ=255) attGGTTATTTAGGTGCAATTAAATTTCAAATTT‑ATAATAAAATTGATATAAATGGAAATTCAAATTAATATTTATATTTTGAAAAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑tttttttttttt < 1:5254258/126‑1 (MQ=255) ggTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑tttttttttttttaa > 2:5512688/1‑126 (MQ=255) ttGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGATTATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTtataaa > 2:23030/1‑124 (MQ=255) ttGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATaaa > 2:309762/1‑128 (MQ=255) tGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTtaaataaa > 2:6244535/1‑128 (MQ=255) tcgTTGAAATTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAAAGAATATTTATTTTTTTAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATaaaa < 1:2667787/126‑1 (MQ=255) aGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAg > 1:3904357/1‑128 (MQ=255) gTTGCAATTAAAGTTAAAATTT‑TAAATAAAATTGATATTAATTGAAAGTAAAATTAATTTTTATTTTTTTAATATCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGa < 1:6413712/128‑1 (MQ=255) ttGAAATTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTTATTTTCATGGAAAGTAAAATTATTATTTAGATTTTGAATAGCTTATTTAAATGGTTTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGAc < 1:1315249/128‑1 (MQ=255) catttataGTTCACATTG‑ATAATAAAATTTATATAGATGGAAATTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAACCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTca < 1:6483867/121‑1 (MQ=255) cAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATACtaa > 1:3190436/1‑126 (MQ=255) cAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcac < 1:1131386/128‑1 (MQ=255) cAAGTAAAGTTAAAAATGAAAAATAAAATTTTTA‑TCATGGAAATTTAAATTAATATTTATCTTTTTAATACCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAACCA‑‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcac < 2:4292447/128‑1 (MQ=255) cAAGAAAAGTTCATATTG‑ATAATAAAATTTCTATACAAGCAAAGTAAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGAATTAAATTGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTca < 1:2862709/128‑1 (MQ=255) aGTAAAGTTCTATTTG‑AAAATAAAATTGAAATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTTGATTTTTAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcact < 1:2232035/128‑2 (MQ=255) ttAAAGTTCAAATTT‑TATATAAAAATGATATTAATGTTAATTCAAATTAATATTTAGTATTTTAATACCTGATTTAAATCGAATATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcact < 1:4593201/127‑2 (MQ=255) tAAATTTTAAATTG‑ATAATAAAAATTTAATTCATTGTAACTCAAATTAATATTTATATTTTTTATATCTTTTTTAAATGGATTTTTAAACAAACCATTTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcact < 1:470927/128‑2 (MQ=255) tAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAAACACACAt > 2:4902848/1‑128 (MQ=255) aaGTTCAAATTT‑ATAATAAAATTTATATTCAATGAAAGTAAAATTAATATTTAGTTTTTTAAAATCTTATTAAAATGGATTTTTTAATAAACCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAg < 1:3821107/128‑1 (MQ=255) ttCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATTGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGa < 1:5130649/128‑1 (MQ=255) aatttgcaaaataaaTTGTAATTTCTGGCAACTCAAATCAAAATTTATCTTTTGAAAAGCCGATTTAAATGGAATATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTc < 1:1383845/116‑1 (MQ=255) ataataAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATAATCACATAATTGAGTAAATTGc > 2:2995441/1‑128 (MQ=255) taataaAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATAATCACATAATTGATACAATTTCg > 2:588995/1‑128 (MQ=255) ataaAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGat < 1:1838882/128‑1 (MQ=255) aaaTTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATTTTTAGATATTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGattat < 1:4439802/128‑1 (MQ=255) aaaTTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTAACATAAGTGATTAAAtatctatta > 2:5153420/1‑120 (MQ=255) aTTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACAt < 1:419157/105‑1 (MQ=255) aTTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAT‑CA‑ATTTTTTTTTTTTTTATTAAAAAAAAAAACAAAAGTTATTCAATATAGATTAttt > 1:1598710/1‑128 (MQ=255) tGATATTCATTTAAAGTAAAATTAATATATTGATTTTTAATATCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATtta < 2:6500176/128‑1 (MQ=255) tGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaa > 1:5825467/1‑128 (MQ=255) gATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAAAATCACATAATTTAGTCAATTGCGATTATttaat > 1:4066513/1‑128 (MQ=255) tatTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGAATCAAATAAGTGAGACAATTTCGATTTTttaattat > 2:1345887/1‑128 (MQ=255) ttCATTGAAATTAAAATTAATATTTATATTTTGAATATCTTATTTAAATGGATTATTAAAAAATAAA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaattat < 1:1006291/128‑1 (MQ=255) aTGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATAATACAATAATTTATTAAATTTCTATTATttaattattaat > 1:3718834/1‑128 (MQ=255) tGGTAATTCAAATTAATATTTAGATTTTTAATAGCTGATTTAAATTGATTATTAAACAAACCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaattattaatt < 2:903149/128‑1 (MQ=255) tGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAGAAACAAATATTTGTGAAATTTGAGAATTTtttattattaa > 2:760406/1‑128 (MQ=255) tgAAAGTCAAATTAATATTTAGATTTTGAATAGATTATTTAAATGGATTATTAAACAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaattattaatta < 1:497205/127‑1 (MQ=255) gAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATACACAAATAAGTTAGTAAATTTCAATTATTtaattaataaatat > 2:1056204/1‑128 (MQ=255) aaaGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTAACAAAAGTGAGTAAATTGCGATTATttattttttaattaat > 1:3424024/1‑126 (MQ=255) aattCAAATTATTATTTAGAATTTGAATAGCTTATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTc < 1:3330998/125‑1 (MQ=255) aatgaaaaTTATTATTTATTTTTTGAATATCTTTTTTAAATTGATTATTAAACAATTCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCTATTATTTAATTATTAATTATTc < 2:4159006/123‑1 (MQ=255) aGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGAATCACATAAGTGAGTCAATTGAAAATATTTaattattaattattat > 2:1803757/1‑126 (MQ=255) tCAAATTAATTTTTTGTTTTTGTATAGCTGTTTTAAATGGTTTATTAAAAAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCttt < 2:5261329/128‑1 (MQ=255) aaaTGAATATTTTTTATTTTAATATGTGATTTAAATTGTTTATTTAAAAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTtga < 1:2327634/128‑1 (MQ=255) aTGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATGCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTtgatg < 1:309762/128‑1 (MQ=255) aTGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATACTAAAAAAATTAATAAAATAGATATAATTTAATTAATAATAattattaaata > 1:950699/1‑123 (MQ=255) gatattttATATTTTTAAAATCTTTTTTAAATTGATAAATAAAAAATAGA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGAATCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGaa < 2:4490608/123‑1 (MQ=255) aaTATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAATACTCACATAAGTTAGTCAATTGCCATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATAAACt > 2:4639571/1‑128 (MQ=255) aaTATATAGATTTTTTATAGCTGTTTTAAATGGATTATTAAAAAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCAAATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAAc < 2:5775258/128‑1 (MQ=255) atatTTAGATTATTAATATCTTATTTAAATAGATTATTAAAAAATACA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAAc < 1:6301423/128‑1 (MQ=255) tatTTTGTTTTTTTATTGATGATTTAATTGTATTTTTAAACAAT‑CA‑ATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTa < 1:867674/128‑1 (MQ=255) tatTTATATTTTTAATAGATTATTTAAATTGATTATTAAAAAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTa < 1:4843715/128‑1 (MQ=255) tatTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTAt < 1:6857146/128‑1 (MQ=255) tttATATTTTTAATAGATTTTTTAAATGTATTATTAAAAAAT‑CA‑ATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTAtt < 1:5938267/128‑1 (MQ=255) aGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAAATAAAAAAAAAAAAAAAATTGAAACAATTTCTATTATTAAATTATAAATTATTATTTTATAAAAAATTTAc > 2:5027252/1‑128 (MQ=255) aGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTAATAAACAAT‑CA‑ATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTAc < 2:6843213/128‑1 (MQ=255) taTTTTGAATATCTGATTTAAATTTTTTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTAcc < 1:5403899/127‑1 (MQ=255) aTTTTTAATATCTTATTTAATTGGATTATTAAAAAATCAA‑‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACctt < 1:3593872/128‑1 (MQ=255) aTTTTGAATAGCTGATTTAAATGTATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACct < 1:5686835/128‑1 (MQ=255) aTTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTAAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACct > 2:2510767/1‑128 (MQ=255) ttttGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCCCATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTTTTTAAct > 2:3749971/1‑128 (MQ=255) tttGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACcttt < 1:1721729/128‑1 (MQ=255) tttaaatgcttttttAAATGGAATTTTAAA‑AAAATA‑ATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACctttc < 2:2078000/116‑1 (MQ=255) ttttttttttttttAAATTTTTTATTAAAAAATTAT‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTAAATTGATATTATTTAATTATTAATTATTATTTGATTAACTATTTACctttc < 2:15538/117‑1 (MQ=255) gAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATACAAAAATAATTTATTAAATTGATATTATTTATTTATTAATTATTATTTTATAAAATATTTaaatttat > 1:2777613/1‑121 (MQ=255) atatCTTATTTAAATTGTTTATTTAACAATTAA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATATAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACctttcttt < 2:2411131/128‑1 (MQ=255) ttttttttttAAATTTTTTTTTAAAAAATTC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAg < 2:6611375/121‑1 (MQ=255) tatcttaatttaaTTGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTATTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAg < 2:1957811/117‑1 (MQ=255) atcTGATATAAATTGAATAATAAACAATCCA‑‑‑TTTTTTTTTATTTAATAACAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGt < 2:3360774/126‑1 (MQ=255) atatGATTTAAATGTATTAATAAACAATTCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCATATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAgg < 1:150691/125‑1 (MQ=255) gCTGATTTAAATGGATTATTAAACAAT‑AA‑ATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATAATAAAATAATTTATACAATTACAATTTTTTAATTATTAATTATAATTTTATGAAATTTTTACATTTATTTAgta > 2:1454015/1‑126 (MQ=255) gttaTTTAATTGGTTTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTa < 1:619498/125‑1 (MQ=255) tGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTaa > 2:3210431/1‑128 (MQ=255) aTTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGAATCACAAAAGTCAGTCAATTGCGATTATTTAATTATAAATTATTATTTGATGAAATATTTACCTTTTTTTAGTTAACta > 2:1664846/1‑128 (MQ=255) tttAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTATTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACta > 1:6611285/1‑128 (MQ=255) ttAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACACACATAATTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTTTTAATTATTCTTTGATTAACTATTTACATTTATTTAGTTAACtaa > 2:4002978/1‑128 (MQ=255) ttaattgtttattaAATAATTCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACtaat < 2:5425107/120‑1 (MQ=255) ttttttattaAACAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACtaattaat < 2:3876050/124‑1 (MQ=255) gATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTATTAAAAAAACACACATAAGTGAGTCAATGGCGTTTATTTAATTATTATTTATTATTTGTTAAAATTTTTCCATTAGTTTAGTTAACTatttaatt > 1:2143856/1‑128 (MQ=255) gATTATTAAACAATCCA‑‑‑TTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAGACAAAAATAAGTGAGTAAATTGCGATTTTTTAATTATTAATTAATATTTTAATAACTATTTACATTTCTTTATGTAACTATTTAATTAc > 2:1192123/1‑128 (MQ=255) attattATACAATTCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTAGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTAc < 1:2014256/128‑1 (MQ=255) attattAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAAACAAACAAAAGTAATAAAATTGCCATAATTTAATTATTAATTATTATTTAATAAAATATTTACATTACTTTAGTTAACtaattaataa > 2:3649746/1‑126 (MQ=255) ttattaAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAATACTCAAATAATTGATTAAATTGCTATTATTAAATTATTTATAATAATTTAATTAAATATTTAACTTACTTAATTTAAATAataaattaa > 2:3512909/1‑127 (MQ=255) attaAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTa < 2:4404014/128‑1 (MQ=255) ttaAATAAT‑CA‑ATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTaa < 1:4343617/128‑1 (MQ=255) ttaAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGCCTCCCATAAGTGATGCAATTCCGATTATTTAATTTTTAATTATTATTTGAGTAAATATTTACATTAGTTTAGGTAAAAAATTAATAACATat > 2:6062276/1‑127 (MQ=255) ttaAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTAACTaa > 1:251772/1‑128 (MQ=255) taAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAat < 1:2426089/128‑1 (MQ=255) taAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAACTAAAATAATTGATAAAATTGCTTTTATTTAATTTTTAAATATTGTTTAATTAAATATTTAACTTTCTATAGTTAAAAAATTAATTAccatat > 2:2749610/1‑124 (MQ=255) aCAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGAATCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTATTTGATGAACTATTTACATTTATTTAGTTAAATAATTAATTACCTAatat > 1:5562920/1‑128 (MQ=255) aaTCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAAtattat < 2:5646999/128‑1 (MQ=255) a‑TTTTTTTTTTTTTTTTATAAAAAGTCTCAAATAAGTGTGTCAATTGCGATTATTTTATTATTAATTATTCTTTGATGAAATATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTa < 2:4770543/128‑1 (MQ=255) | TGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTG‑ATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑TTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATTTTAG > CP016816/87776‑88030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |