| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 87906 = | 2618 (0.830) | 319 (0.110) | 141/226 | 27.3 | 12.2% | intergenic (+33/‑827) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 |
| ? | CP016816 | = 87902 | 2209 (0.780) | intergenic (+29/‑831) | JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L31 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 745 total aligned reads displayed.
GACTTGTACATGAACTAAAATAATATTAGGTAATTAATTAGTTACCTAAAGAAAGGTAAATAGTTCATCAAAGAATAATTAATAATTAAATAATCGCAATTGACTCACTTATGTGAGTCTTTTT‑ATT‑‑A‑AAAAAAAA‑AAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/88044‑87906‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑a‑aaaaaaaa‑aaaTGGATTGTTTAATAATCCATTTAAATCAGCTATTCAAAATCTAAATATTCATTTGACTTTCCATGAATATCAATTTTATTATCAATTTGAACTTTACTTGCAACTCAATAACCACTTTTGTTACACA < CP016816/87902‑87776 GACTTGTACATGAACTAAAATAATATTAGGTAATTAATTAGTTACCTAAAGAAAGGTAAATAGTTCATCAAAGAATAATTAATAATTAAATAATCGCAATTGACTCACTTATGTGAGTCTTTTT‑ATT‑‑A < 1:1031043/128‑1 ACTTGTACATGAACTAAAATAATATTAGGTAATTAATTAGTTACCTAAAGAAAGGTAAATAGTTCATCAAAGAATAATTAATAATTAAATAATCGCAATTGACTCACTTATGTGAGTCTTTTT‑ATT‑‑A‑A > 1:611149/1‑128 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AATGGATTGTTTAATAATCCATTTAAATCAGCTATTCAAAATCTAAATATTCATTTGACTTTCCATGAATATCAATTTTATTATCAATTTGAACTTTACTTGCAACTCAATAACCACTTTTGTTACAC < 2:4691205/128‑1 GACTTGTACATGAACTAAAATAATATTAGGTAATTAATTAGTTACCTAAAGAAAGGTAAATAGTTCATCAAAGAATAATTAATAATTAAATAATCGCAATTGACTCACTTATGTGAGTCTTTTT‑ATT‑‑A‑AAAAAAAA‑AAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/88044‑87906‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑a‑aaaaaaaa‑aaaTGGATTGTTTAATAATCCATTTAAATCAGCTATTCAAAATCTAAATATTCATTTGACTTTCCATGAATATCAATTTTATTATCAATTTGAACTTTACTTGCAACTCAATAACCACTTTTGTTACACA < CP016816/87902‑87776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |