| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 76891 | 2318 (0.740) | 328 (0.100) | 110/250 | 43.0 | 12.1% | intergenic (‑140/+45) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein |
| ? | CP016816 | 76895 = | 2456 (0.780) | intergenic (‑144/+41) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2634 total aligned reads displayed.
AAAATTTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAA‑TATTACAA‑‑C‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAAC‑ATATAA‑TTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGAT > CP016816/76764‑77016 | aaattaataaaatTTGTGAACTTAAGGATGTATAATAAAAATTAATAATAACTGTAAAACCCAAATTCCCCTTTAAATTAAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAATAAAAA‑TATTAAAA‑‑C‑t < 2:866280/117‑1 (MQ=255) aaTTTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAA‑TATTACAA‑‑C‑t > 2:3253033/1‑128 (MQ=255) ttATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTATTAAAGAAAAA‑TATTACAA‑‑C‑tatt > 1:4832871/1‑128 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAA‑TATTACAA‑‑C‑tttttttttt > 1:218558/1‑128 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAA‑TATTACAA‑‑C‑attatttttt > 1:2558505/1‑128 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTAAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAATTTTTTTAAAGAAAAA‑TATTACAA‑‑C‑tttttttttt > 1:4295142/1‑128 (MQ=255) tatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAA‑TAATACAA‑‑C‑ttattatttta > 1:2662353/1‑127 (MQ=255) atTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCATTTAAATTAAAATAACATTATATAAATATAAATTTTTTAAAGAAAAA‑TATTACAA‑‑A‑tttttattattt > 2:4572837/1‑128 (MQ=255) tGAACTTAAGTAATTATAATACAAATTAATAATAAATGTACAAACCAAAATCACCTTTAAATTAAAATAACAATATAAAAATATAAAATTTTTAAATAAAAA‑TATTACAA‑‑C‑tttttttttttttttgg < 2:776213/128‑3 (MQ=255) gAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTTTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAA‑TATTACAA‑‑C‑tttttttttttttttgga > 2:2106457/1‑125 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |