| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 165253 = | 1460 (0.570) | 852 (0.380) | 170/220 | 6.3 | 41.9% | intergenic (+217/‑325) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| ? | CP016816 | = 165249 | 1083 (0.480) | intergenic (+213/‑329) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1267 total aligned reads displayed.
ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/165395‑165253‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTCTTTTAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < CP016816/165249‑165123 ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑A > 1:4935477/1‑128ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑A > 1:4758145/1‑128 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ttgTTAATTAAAAATAAATAATTTAAGTATTACTTTTAAAAATATTTTTTAATTTCTATTTTTTTATATA‑CTTAGACAAAAAAATACATAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGC‑T < 1:101083/125‑1 TAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAtaaaatt > 1:1297903/1‑121 AATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTATACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAATA‑TATTTT > 1:2135090/1‑128 AATAAAAATTTAATAATTTTAGTTTTAATTTTAACAAAATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATTCCTTAAATTTTTATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTT < 2:1335592/128‑1 aaaATTAAATTATTTTATTATTAATTTTAAAAATATTTTTTCCTTTTTATTTTTTTATTTA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACA < 2:312887/125‑1 CATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAAAAATATTTTTTCCTTTATATTTTTTTATATA‑CTTAGAAAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACA < 1:4601935/128‑1 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TTATTATTAATTTTAACAATATTTTTTACTTTCTATTTTTTTAGATA‑ATTATACAAAAAAATACCTAAAATTTATATTTACATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAA < 1:841865/128‑1 AGTAATACATTTAACAATATTTTTTCATTTATATTTTTTTATATA‑CTTATAAAAAAAAATACATAAAATTTATATTTCAATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATT < 1:4064049/128‑1 tTATTACTTTTAAAAATATTTTTTACTTTCTATTTTTTTATATA‑CTTATACAACAAAATAACTAAAATTTATATTTCCATTAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTT < 2:2515783/127‑1 tTATTACATTTAACAATATTTTTTCCTTTTTATTTTTTTATATA‑CATAGACAAAAAAATAACTAAAATTTATATTTCAATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTtt < 1:5399846/127‑3 GTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAATGA‑TATTTTTTAAATTTTAAAATAAATTtt > 1:5007987/1‑126 TATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACATAAAATTTATATTTCAATTAT‑AAAAAAAAAAAAAATAG‑‑AATTTTTTAAAATTTAAAATTAATTTTTa > 1:2986898/1‑127 TACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAATTTCAAATTAATT‑TTTTAAA > 2:2988408/1‑128 TTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAGA‑TATTTTTTAAAATTTAAAATTAATTTTTTAAAAATTT > 2:1778897/1‑128 TAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGA‑TTTTTTTTAAAATTTCAAA‑TAATTTTTTAAAAAATTa > 1:2294294/1‑127 TAAAAATATTTTTTCCTTTGTATTTTTTT‑TATATCTTATACAACAAAATAAATAAAATTTATATTTCAATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTT < 2:3477338/128‑1 AACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑ATTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTACATTAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCA < 2:574508/128‑1 aaATTTATTTCTTTCTTTTTTTTTAGATA‑CTTATACAACAAAAAACCTAAAAATTAAATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATA < 2:4494316/126‑1 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attttaaaaaAAAAAAACTAAAATTTATATTTCCATTTT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTT < 2:791675/118‑1 attataaaaaAAAAAAACTTAAATTTTTATTTACATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTT < 2:4863695/118‑1 TTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAATTTAAAATTAATTTTTTAAAAATTTGAATATAAAAAAAATATATAAAAAAATAATATTT > 1:1715412/1‑128 TTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACATTTTAAAATTAATTTTTTAAAAATTTTAATATAAAAAAAATATATAAAAATAAAATATTTT > 1:584875/1‑128 GACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTAAAATTTAAAATTAATTTTTTAAAAATTTTAATATAAAAAAAATATAAAAAAAAATAATATTTTTAG > 1:5276439/1‑128 taaaaAAAATAAATTAAATTTATATTTTCATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAG < 1:90389/123‑1 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AAGA‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTA < 1:98816/128‑1 AGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < 1:3752968/128‑1 ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATA‑CTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/165395‑165253‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTCTTTTAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < CP016816/165249‑165123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |