| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 484,791 | T→A | intergenic (‑100/+71) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 484,791 | 0 | T | A | 97.0% | 7514.0 / 74.7 | 2517 | intergenic (‑100/+71) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/28); new base A (1217/1224); total (1264/1253) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2614 total aligned reads displayed.
TATTATTTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAA‑ACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTT > CP016816/484664‑484914 | aGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGAAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAAtt < 1:4910662/128‑1 (MQ=255) aGTCAAAAATCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAAtt < 1:3534028/128‑1 (MQ=255) tCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGAGTATTTAAATATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTaa > 2:5383788/1‑128 (MQ=255) cAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTaaa < 1:4220692/128‑1 (MQ=255) cAAAACTCATAGATTTAATCATTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTaaa < 2:4317714/128‑1 (MQ=255) aaaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGCGCATAGCAGAAGCTCTTAACACCTAAACTACACTCGATTATTTAATTATA‑TTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAaca > 2:4499505/1‑128 (MQ=255) aaaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAaca > 1:808152/1‑128 (MQ=255) aaCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAaaac > 1:2696425/1‑128 (MQ=255) aCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAacaca > 1:920858/1‑128 (MQ=255) aCTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAacaca > 1:2820128/1‑128 (MQ=255) cTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAacacac > 1:4817907/1‑128 (MQ=255) cTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAacacac > 2:3389925/1‑128 (MQ=255) aTAGATTTAATCATTTTATAGTTGAAAAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTATTAACAACTAAACTACAATAGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAAcacacata < 2:1846547/128‑3 (MQ=255) tAGATTTTATCCTTTTATAGGTGACCAAACAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACaaaa < 1:5010675/128‑1 (MQ=255) aTTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACt < 1:4632529/128‑1 (MQ=255) aTTTAATCCTTTTATAGTTGAACAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACt < 2:5165689/128‑1 (MQ=255) tAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCAc > 2:3155876/1‑128 (MQ=255) aaTCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTATTTTTTAAT‑ATAATAA‑GCAATTAAGAACACAAAAACACAcc > 2:278489/1‑128 (MQ=255) ttttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTa < 2:3611898/128‑1 (MQ=255) tttATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑TTAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCAcaaaatat > 1:5194590/1‑121 (MQ=255) tataGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTaa > 2:811751/1‑103 (MQ=255) tataGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATgg < 1:1306633/128‑1 (MQ=255) ataGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGt < 1:3090959/128‑1 (MQ=255) aGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATAAAACACACAAAAACTCACCCATTATGCTGa > 1:2275933/1‑128 (MQ=255) tGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTAACCCATTATGGTGAGtt > 2:718810/1‑128 (MQ=255) aCCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAATATAAAAA‑TCAATTAAACACACAAAAACTCACACATTagtgatagtat > 1:4464685/1‑118 (MQ=255) aCCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCTCCCATTATGGTGAGTTTa < 1:5496955/128‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaa < 2:1307127/128‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaa < 1:1007664/128‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACCAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaa < 1:1219105/128‑1 (MQ=255) aaaaaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTaaaaa < 1:198754/128‑1 (MQ=255) aaTAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAatta < 2:1952451/128‑1 (MQ=255) aaGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTc > 2:3683090/1‑128 (MQ=255) aaGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTc > 2:4394802/1‑128 (MQ=255) tAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaaaa > 1:2049810/1‑128 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTGAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAt > 1:5427499/1‑128 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAt > 2:2384713/1‑128 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAt > 2:2149752/1‑128 (MQ=255) gagCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTATTATAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATAATGCAGAGTTTAAAAAGTAATCAAACAt > 1:1678904/1‑128 (MQ=255) gagCATAGAAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATAATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCAATATTGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAt < 1:373019/128‑1 (MQ=255) agCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAAt > 1:403980/1‑127 (MQ=255) gCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGGTTAAAACTTATTCAAAAAttt > 2:3818953/1‑128 (MQ=255) tAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGat < 1:4536646/128‑1 (MQ=255) aGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGatt < 1:4138426/128‑1 (MQ=255) gCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCaaaa < 1:3357340/119‑1 (MQ=255) gCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGatta > 2:102171/1‑128 (MQ=255) aGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGattatt < 1:4355874/128‑1 (MQ=255) gtaggtctTTACATCTAAAGTACACTCGATTATTAAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTAttt < 2:2285994/123‑1 (MQ=255) gAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATTGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTAttt > 2:4902927/1‑128 (MQ=255) gAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTAttt > 1:2906378/1‑128 (MQ=255) gAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTAttt > 1:5107095/1‑128 (MQ=255) gAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTAttt > 1:3268779/1‑128 (MQ=255) aGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGTTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTa > 1:696167/1‑128 (MQ=255) aGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTa < 1:4720713/128‑1 (MQ=255) aGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTa > 2:619928/1‑128 (MQ=255) gCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTaa < 2:1202641/128‑1 (MQ=255) ttAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCa < 1:3629978/128‑1 (MQ=255) ttAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTAAAAAATTATACAAAAATATGATTATTTTAAATCa > 2:5062670/1‑128 (MQ=255) aacaacTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACAAACAAAAACTCACCCATTATGTTAAGTTAAAAAATAATACAAAAATTTTATTATTTTAAATCAAt > 1:3439791/1‑128 (MQ=255) acaacTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTaaa > 1:1890154/1‑122 (MQ=255) caacTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTg > 2:4969963/1‑128 (MQ=255) aactaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAATATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTg > 1:3867173/1‑128 (MQ=255) aactaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGa < 1:62114/128‑1 (MQ=255) aactaaactaCACTAGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCAACCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGa < 2:139209/128‑1 (MQ=255) actaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGaa < 2:4817907/128‑1 (MQ=255) actaaaataCACTCGATTATATAATAATATTTTTTTTTAAT‑ATAATAA‑GCAATTAAACACACATAAACTCACCCATTATGGTGATTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGaa < 2:350751/128‑1 (MQ=255) ctaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCCCCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTTAAg > 2:4253967/1‑128 (MQ=255) ctaaactaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAg < 1:2157380/128‑1 (MQ=255) ctaaactaCACTAGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAg < 2:4712795/128‑1 (MQ=255) actaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCAATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTcc > 1:2468982/1‑128 (MQ=255) ctaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTATT‑ATAAAAA‑GCAATTAACCACAAAAAAACTCCCCCATTATGGTGAGTTTAAAATTTATACAAAAATTTAATTATTTTAAATCAATTGaaacacct > 2:1598649/1‑122 (MQ=255) ctaCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATACAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAATGATGATTATTTTAAATCAATAGATGCTCCa > 2:2887909/1‑128 (MQ=255) ataCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCa < 2:2485687/127‑1 (MQ=255) taCACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAg > 2:298153/1‑128 (MQ=255) acacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGc > 2:327505/1‑128 (MQ=255) acaatagATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACAAACAAAAACTCACACATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGc < 2:2584725/122‑1 (MQ=255) cacaCGATAATTTAATTATATTTTTTTTTTAATATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCtggagc < 1:1612193/128‑6 (MQ=255) cacTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCt > 2:1691520/1‑128 (MQ=255) tctctATTATTTAATTAAATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCATTTAAACAATCAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCtt < 2:1491149/127‑1 (MQ=255) acTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCATTTAAACACACAAAAACTACCCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATACAAAAATTTGATAATTTAAAAACAATTGAAGATCCacatt > 1:5311996/1‑124 (MQ=255) acTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGcat > 1:3007032/1‑126 (MQ=255) acTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCtt > 2:52413/1‑128 (MQ=255) cTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTc > 1:1521182/1‑128 (MQ=255) cTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTc > 1:1426884/1‑128 (MQ=255) gATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAAc > 2:3067623/1‑128 (MQ=255) attaatTTATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCTTTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACt < 2:1117588/128‑1 (MQ=255) attTTATTATATTTTTTTATAAT‑ATAAAAA‑TCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAATAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTTAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAt < 1:3966994/128‑1 (MQ=255) attTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAt < 2:4011980/128‑1 (MQ=255) tttAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAAtt < 2:2035081/128‑1 (MQ=255) tAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTTATTATTTTAAATCAATTTAATCTCCAGCTTCAACTAATTTa > 2:927630/1‑128 (MQ=255) tAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTa < 1:3183715/128‑1 (MQ=255) tAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTa > 2:5523986/1‑128 (MQ=255) aaTTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAg < 1:1111755/128‑1 (MQ=255) ttATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCTACTAATTTAGCt > 1:2374908/1‑128 (MQ=255) atTTTTTTTTAAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATATAGCTTTCa > 2:2680168/1‑128 (MQ=255) tttttatattAA‑AAAAAAATATAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCa > 2:413424/1‑128 (MQ=255) ttttttttaAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGTTTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCAtt < 2:4602238/128‑1 (MQ=255) tttttttaAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCAttt < 2:3921720/128‑1 (MQ=255) tttttaAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttct > 1:2562989/1‑128 (MQ=255) tttttaAT‑ATAAAAA‑GCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttct > 1:1794004/1‑128 (MQ=255) | TATTATTTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAA‑ACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTT > CP016816/484664‑484914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |