| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 105365 = | 1161 (0.630) | 166 (0.100) | 91/220 | 21.7 | 14.1% | intergenic (+860/+66) | JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 | translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase |
| ? | CP016816 | = 105361 | 992 (0.610) | intergenic (+856/+70) | JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430 | translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
TAACAATTTAGAAGGTTATGAGACTAAAGGTGGAGGAAACGCTAATTTAGCTCAAGGTAAATTTGTTAAAAAATAATATTTAATAAATCAAGACTTAATTAATTGTTTTTAACAATATTAGGTCTTG‑‑TTTTTTTTTTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/105506‑105365‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttttttttttttt‑ATTAAAATATTTTAATTAAATTAATTATATTAAAAGGATAAATAAACTAATCAATCCTAATAAATACTTAGCTAATTTATATTAACATTAATCTTTATTATTTCATACTATAATAAGTGATTTTACA < CP016816/105361‑105235 TAACAATTTAGAAGGTTATGAGACTAAAGGTGGAGGAAACGCTAATTTAGCTCAAGGTAAATTTGTTAAAAAATAATATTTAATAAATCAAGACTTAATTAATTGTTTTTAACAATATTAGGTCTTG‑‑T > 1:1357441/1‑128TAACAATTTAGAAGGTTATGAGACTAAAGGTGGAGGAAACGCTAATTTAGCTCAAGGTAAATTTGTTAAAAAATAATATTTAATAAATCAAGACTTAATTAATTGTTTTTAACAATATTAGGTCTTG‑‑T > 2:6463/1‑128 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |