| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 165253 = | 896 (0.480) | 568 (0.350) | 135/218 | 11.9 | 43.8% | intergenic (+217/‑325) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| ? | CP016816 | = 165249 | 676 (0.420) | intergenic (+213/‑329) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 819 total aligned reads displayed.
ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTAT‑AAAAAAAAAAAAAAA‑A‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/165395‑165253‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaa‑aGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTCTTTTAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < CP016816/165249‑165123 ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTAT‑A > 1:3055011/1‑128ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTAT‑A > 1:1848369/1‑128 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TACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTAT‑AAAAAAAAAAAAAAA‑ATA‑TAATTTTAAAAAGTTAAAATAAATTTTTaaa > 2:3122248/1‑125 TACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTAT‑AAAAAAAAAAAAAAA‑AAA‑TATTTTTTACAATTTCAAATTAATT‑TTTTAA > 2:3710351/1‑128 TTAAAAATATTTTTTACTTTCTATTTTTTTATATACTTTTACAAAAAAATACCTAAAATTTTTATTTCCA‑TTATAAAAAAAAAAAAAAAA‑AGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAAT < 1:3004824/128‑1 TAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTATAAAAAAAAAAAAAAAA‑AGA‑TATTTTTTAAATTTTAAAATTATTTTTTTAAAAATT > 1:3131408/1‑128 TAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTAT‑AAAAAAAAAAAAAAA‑A‑A‑AAATTTTTAAAAATTAAAAAAAAATTTTTTAAAATTTt > 2:102026/1‑127 CAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATAATTATACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCA‑TTAT‑ATAAAAAAAAAAAAA‑AGC‑TATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCA < 1:1414362/128‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |