| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_021214 | 449,056 | 0 | T | C | 40.0% | 5.8 / 18.4 | 20 | G501G (GGA→GGG) | TMARI_RS02175 | methyl‑accepting chemotaxis protein 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/7); new base C (4/4); total (9/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCTTTCTGTC > NC_021214/448910‑449290 | acctcctttttCGACCCTTTTTCTTCGTTTTCTCTCGTTGGCCTCAAGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGGCTTCTGGCCCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCCCTTCCCGCTTCCCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGt < 1:778207/231‑1 (MQ=1) tgccatgCATCTTCGCTATCTCCTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCTTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTctgct < 1:979917/233‑1 (MQ=255) tCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCCACAACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTctgct < 2:690339/239‑1 (MQ=9) tCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAgt > 2:780688/1‑239 (MQ=14) tCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAgt > 2:1249543/1‑239 (MQ=14) tCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAgt > 2:197493/1‑239 (MQ=14) cGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCCCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGActcct > 2:1168095/1‑238 (MQ=14) cttctGCGAGTTTCCTTATCTCGTCGGCC‑‑‑CCCCCCGCAACGCCGCTTCCCGCTTCTCCCGCTCG‑ACCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACGAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTAct < 1:780688/239‑1 (MQ=11) ttCCTTATCTCGTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGa < 1:278025/146‑1 (MQ=17) ttCCTTATCTCGTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGa > 2:278025/1‑146 (MQ=17) gccGCAAAGCCTGTTCCTGCTTGTGCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCACTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTGCTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCAc < 1:1361726/238‑1 (MQ=9) cccGCAAAGCCTCTGCCCCTTGCTCCAGCCCGCAGC‑GGTGCTGACGCTGCGGTCAACGCAGCCCGGTTAGTCTTCTCCGCTTTCGAGCTTATCGTGTCCCCTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCTTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTGCTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCAc < 1:1418459/238‑1 (MQ=11) accGCAAAGCCCCTTCCCGCTTCCCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCa > 1:134993/1‑238 (MQ=14) accGCAAAGCCCCTTCCCGCTTCCCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCAc < 2:1075655/239‑1 (MQ=14) accGCAAAGCCCCTTCCCGCTTCCCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCAc < 2:386956/239‑1 (MQ=14) aaGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGt > 1:821659/1‑110 (MQ=32) aaGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGt < 2:821659/110‑1 (MQ=32) tCCCGCTTCCCCAGCTCG‑GGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCTGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCttt < 1:26216/239‑1 (MQ=14) cTTCCCCAGCTCT‑TGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATATTTCCTAACGACTTGGCCGACTCAACTAGCTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGCCGTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGGTTATCACTCCTCCCACCGCGCCTACTCTCTTAGTCCATTCTCTACCCGTTTTCTTCACCCCTTCTGACCTTTATGt > 1:468565/1‑238 (MQ=11) cTTCCCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCTTTCTGTc > 2:773175/1‑239 (MQ=14) | AACATCTCTTTCGAGCCGTTTTCTACGTGTTCTATCGTTGTTCTCAGGCTGCTCAGCATCTTCGCTATGTCTTCTGTCGCCCTCTGGCTCTCTTCTGCGAGTTTCCTTATCTCGTCTGCC‑‑‑ACCACCGCAAAGCCTCTTCCCGCTTCTCCAGCTCG‑AGCTGCTTCTATCGCTGCGTTCAACGCGAGCAGGTTCGTCTGCTCTGCTATCGAGCTGATCGTGTCCACTATCTCTCCTATCGTCTTGGCCGAGTCAACTAGTTCTCTCAGGTAGTCCCTCTGTCTTTCTGCTGACCCTTTGAGTTTGTTTATGACTCCTCCCACCGCTTCTACTCTCTCTGTCCCTTCTCTTGCCGCTTTCGTCACCGCTTCTGACCTTTCTGTC > NC_021214/448910‑449290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |