| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 4542987 | 103 (1.020) | intergenic (+353/‑129) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
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| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGAT‑ATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACG > NC_000913/4542543‑4542837 | tgCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCa > 1:1455223/1‑149 (MQ=255)tgCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCa > 2:687102/1‑149 (MQ=255) gTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAAc > 1:1139600/1‑149 (MQ=255) 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gggCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTTTTTTTTTTTAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGAG‑ATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACACCACCTCCGCTTTATGTAAAGCtc > 2:1325636/1‑148 (MQ=255) ggCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACCAAAAGCATCTAACTGTTTGAT‑ATGTAAATTATTTCTATTGTAACTTAATTTCCCATCACCTCCGCTATATGTACACCTaa > 2:48558/1‑149 (MQ=255) ccAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAACACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGAT‑ATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACg > 1:450727/1‑149 (MQ=255) | TGCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGAT‑ATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACG > NC_000913/4542543‑4542837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |