| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4304576 = | 72 (0.870) | 3 (0.040) | 3/254 | NT | 4.4% | intergenic (‑172/+37) | ytcA/yjcS | putative inner membrane efflux pump‑associated DUF1656 family protein/metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| ? | NC_000913 | 4304604 = | 65 (0.860) | intergenic (‑200/+9) | ytcA/yjcS | putative inner membrane efflux pump‑associated DUF1656 family protein/metallo‑beta‑lactamase superfamily protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AACAATATCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCA > NC_000913/4304429‑4304722 | aaCAATATCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGTTGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACt > 2:1074536/1‑149 (MQ=255)aaCAATATCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACt > 1:1253930/1‑149 (MQ=255)aaCAATATCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACt > 1:1455182/1‑149 (MQ=255) gaccggccacgccaacatggcggatcgggcaaaagcgaagaaagccaaaattattggcaatggcgcgaaactggaagaaattatcgcctgtctggataatttcgatttgtgggtgaatatcgtaaccccaaattaatgtcactcgCttt > 1:389002‑M1/146‑149 (MQ=255) gaccggacaggccaaaatggcggatctggtaaaagcgaagaaagccaaaattattggcaatggcgcgaaactggaagaaattgtcgcctgtctggataatttcgatttgtgggtgaatatcgtaaccccaaattaatggcactcgCttt < 2:988356‑M1/4‑1 (MQ=255) ccgtacaagccaaaacggcggatctggtaaaagcgaagaaagctaaaattattggcaatggcgcgaaactggaagaaattatcgcctgtctggataatttcgatttgtgggtgaatatcgtaaccccaaattaatgtcactcgCTTTTg > 2:1046721‑M1/144‑149 (MQ=255) cggacaagccaacatggcggatctggtaaaagcgaagaaagccaaaattattggcaatggcgcgaaactggaagaaattatcgcctgtctggataatttcgatttgtgggtgaatttcgtaaccccaaattaatgtcactcgCTTTTgg > 1:937317‑M1/143‑149 (MQ=255) cggacaagccaaaatggcggatctggtaaaagcgaagaaagccaaaattattggcaatggcgcgaaactggaagaaattatcgcctgtctggataatttcgatttgtgggtgaatatcgtaaccccaaattaatgtcactcgCTTTTgg < 1:1010017‑M1/7‑1 (MQ=255) cggacaagccaaaatggcggatctggtaaaagcgaagaaagccaaaattattggcaatggcgcgaaactggaagaaattatcgcctgtctggataatttcgatttgtgggtgaatatcgtaaccccaaattaatgtcactcgCTTTTgg > 2:1344212‑M1/143‑149 (MQ=255) cggacaagccaaaatggcggatctggtaaaagcgaagaaagccaaaattattggcaatggcgcgaaactggaagaaattatagccggtctggataatttcgatttgtgggtgaataacgcaaccccaaagtaatgtgactcgcttgtgc < 2:935956‑M1/7‑5 (MQ=255) atCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTggg > 2:1194593/1‑149 (MQ=255) atCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTggg > 2:1010017/1‑149 (MQ=255) gTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTAGGAGCt > 2:580400/1‑149 (MQ=255) 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AACAATATCTGTAGTGAATATCAATATCCATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCA > NC_000913/4304429‑4304722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |