| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4304576 = | 72 (0.870) | 3 (0.040) | 3/254 | NT | 4.4% | intergenic (‑172/+37) | ytcA/yjcS | putative inner membrane efflux pump‑associated DUF1656 family protein/metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| ? | NC_000913 | 4304604 = | 65 (0.860) | intergenic (‑200/+9) | ytcA/yjcS | putative inner membrane efflux pump‑associated DUF1656 family protein/metallo‑beta‑lactamase superfamily protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCAGATCCGCCATTTTGGCTTGTCCGGTC > NC_000913/4304457‑4304748 | cATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCg < 2:531252/149‑1 (MQ=255) aTTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGa < 1:1383139/149‑1 (MQ=255) ttGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATGCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTCTATATTTTTAAAATAAATAGTTTTGGGGTCTTCAGC‑GCCGCCAAAAGCGAg > 1:978300/1‑149 (MQ=255) tGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATGTTTACACATGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGt < 2:317004/149‑1 (MQ=255) aaGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGTGa > 2:703492/1‑149 (MQ=255) gCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGTGACAt > 2:613695/1‑149 (MQ=255) tgatgCTATTTTCATTATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTg < 2:280790/145‑1 (MQ=255) tATTGCTATTTTTTTTATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTg < 2:1241288/149‑1 (MQ=255) 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cAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGCTCACAATACGCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCAGATCCGCCATTTTgg < 1:272000/149‑1 (MQ=255) gcacaagCGAGTCACATTACTTTGGGGTTGCGTTATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACCGGCTATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCAGATCCGCCATTTTGGCTTGTCCg < 2:935956‑M2/142‑1 (MQ=255) ccaaaagCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCAGATCCGCCATTTTGGCTTGTCCg > 2:1344212‑M2/8‑149 (MQ=255) ccaaaagCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCAGATCCGCCATTTTGGCTTGTCCg < 1:1010017‑M2/142‑1 (MQ=255) ccaaaagCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGAAATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCAGATCCGCCATGTTGGCTTGTCCg > 1:937317‑M2/8‑149 (MQ=255) caaaagCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTAGCTTTCTTCGCTTTTACCAGATCCGCCGTTTTGGCTTGTACgg > 2:1046721‑M2/7‑149 (MQ=255) aaagCGAGTGCCATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGACAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCAGATCCGCCATTTTGGCCTGTCCGGTc < 2:988356‑M2/145‑1 (MQ=255) aaagCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTGCCCGATCCGCCATGTTGGCGTGGCCGGTc > 1:389002‑M2/5‑149 (MQ=255) | CATTGAAGGCGTCAGTATGGCTATTTTCTTGATGAATAAAAATAGCTTTATTCAGCCACCGCATTCATAACTTATATATTTTATTTATTAATTGGCTGTATATATTTTTAAAATAAATACTTTTGGGGGCTTCAGC‑GCCCCCAAAAGCGAGTGACATTAATTTGGGGTTACGATATTCACCCACAAATCGAAATTATCCAGACAGGCGATAATTTCTTCCAGTTTCGCGCCATTGCCAATAATTTTGGCTTTCTTCGCTTTTACCAGATCCGCCATTTTGGCTTGTCCGGTC > NC_000913/4304457‑4304748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |